L'automne, saison des champignons

Un gland écrasé sous votre pied. Une graine d'érable qui tournoie dans l'air. Une baie rouge dans un buisson. Derrière ces images banales se cachent des stratégies évolutives d'une sophistication extraordinaire, hélices miniatures, catapultes végétales, fruits conçus pour tromper les oiseaux, et des écureuils qui plantent plus d'arbres qu'ils n'en consomment.Dans cet épisode d'Asili, on explore la dispersion des graines et la façon dont la forêt de demain voyage aujourd'hui.Publications scientifiques :Vander Wall, S.B. (1990). Food Hoarding in Animals. University of Chicago Press. ISBN : 978-0226847160Jacobs, L.F. & Liman, E.R. (1991). Grey squirrels remember the locations of buried nuts. Animal Behaviour, 41(1), 103–110. DOI : 10.1016/S0003-3472(05)80506-8Shettleworth, S.J. (2003). Memory and hippocampal specialization in food-storing birds: challenges for research on comparative cognition. Brain, Behavior and Evolution, 62(3), 108–116. DOI : 10.1159/000072441Vander Wall, S.B. & Longland, W.S. (2004). Diplochory: are two seed dispersers better than one? Trends in Ecology & Evolution, 19(3), 155–161. DOI : 10.1016/j.tree.2003.12.004Kazimierski, L.D. et al. (2017). Waves of seed propagation induced by delayed animal dispersion. arXiv. DOI : 10.48550/arXiv.1703.05755Lorts, C.M. et al. (2008). Evolution of fruit color in relation to seed dispersal and dispersal mode. Plant Species Biology, 23(2), 108–118. DOI : 10.1111/j.1442-1984.2008.00216.xGómez, J.M. & Verdú, M. (2012). Mutualism with plants drives primate diversification. Systematic Biology, 61(4), 567–577. DOI : 10.1093/sysbio/sys006

En ce moment, autour de vous, des loirs ralentissent. Des bourgeons se referment. Des ours stockent leurs dernières réserves. Le vivant se prépare, avec une précision biologique remarquable, depuis des semaines, avant même que le froid ne soit là.Dans cet épisode d'Asili, on explore l'art du ralentissement. Pour comprendre que l'hiver n'est pas la fin de quelque chose, c'est le début de ce qui vient.Publications scientifiques :Ruf, T. & Geiser, F. (2015). Daily torpor and hibernation in birds and mammals. Biological Reviews, 90(3), 891–926. DOI : 10.1111/brv.12137Toien, O. et al. (2011). Hibernation in Black Bears: Independence of Metabolic Suppression from Body Temperature. Science, 331(6019), 906–909. DOI : 10.1126/science.1199435Jansen, H.T. et al. (2016). The bear circadian clock doesn't 'sleep' during winter dormancy. Frontiers in Zoology, 13, 42. DOI : 10.1186/s12983-016-0173-xJohnson, R.J. et al. (2025). Metabolic Flexibility: Hibernation, Torpor, and Estivation. Comprehensive Physiology. DOI : 10.1002/cphy.c230017Rinne, P.L.H. et al. (2025). Variable temperature processing by plasmodesmata regulates robust bud dormancy release. PNAS. DOI : 10.1073/pnas.2416051122Welling, A. & Palva, E.T. (2006). Molecular control of cold acclimation in trees. Physiologia Plantarum, 127(2), 167–181. DOI : 10.1111/j.1399-3054.2006.00672.xKörner, C. & Basler, D. (2010). Phenology Under Global Warming. Science, 327(5972), 1461–1462. DOI : 10.1126/science.1186473

Ce que vous appelez champignon n'est pas un champignon. C'est juste son fruit. L'organisme, lui, est invisible, un réseau de filaments qui s'étend sous vos pieds sur des hectares entiers, en train de digérer le monde de l'extérieur.Dans cet épisode d'Asili, on explore le royaume fongique le plus méconnu et le plus indispensable du vivant. Pour regarder autrement les sous-bois que vous traversez.Publications scientifiques :Sato, H. et al. (2012). A Thirty-Year Survey Reveals That Ecosystem Function of Fungi Predicts Phenology of Mushroom Fruiting. PLOS ONE, 7(11), e49777. DOI : 10.1371/journal.pone.0049777Büntgen, U. et al. (2012). Fungal biomass carbon in boreal forests: results from a long-term study. Fungal Ecology, 5(1), 8–15. DOI : 10.1016/j.funeco.2011.06.004Boddy, L. et al. (2014). Climate variation effects on fungal fruiting. Fungal Ecology, 10, 20–33. DOI : 10.1016/j.funeco.2013.10.006Floudas, D. et al. (2012). The Paleozoic Origin of Enzymatic Lignin Decomposition Reconstructed from 31 Fungal Genomes. Science, 336(6089), 1715–1719. DOI : 10.1126/science.1221748Rinaldi, A.C. et al. (2008). Ectomycorrhizal fungal communities: one host plant and many related hosts. FEMS Microbiology Ecology, 65, 331–345. DOI : 10.1111/j.1574-6941.2008.00544.x

Chaque automne, le même spectacle. Les jaunes, les oranges, les rouges. On croit savoir pourquoi et pourtant, la vraie réponse cache un débat scientifique fascinant que les biologistes n'ont pas encore tranché.Dans cet épisode d'Asili, on plonge dans la chimie et l'évolution des couleurs d'automne. Pour ne plus jamais regarder une forêt en octobre de la même façon.Publications scientifiques :Archetti, M. et al. (2009). Unravelling the evolution of autumn colours: an interdisciplinary approach. Trends in Ecology & Evolution, 24(3), 166–173. DOI : 10.1016/j.tree.2008.10.006Archetti, M. (2000). The origin of autumn colours by coevolution. Journal of Theoretical Biology, 205(4), 625–630. DOI : 10.1006/jtbi.2000.2089Pena-Novas, I. & Archetti, M. (2021). A test of the photoprotection hypothesis for the evolution of autumn colours. Journal of Evolutionary Biology, 34(9), 1423–1431. DOI : 10.1111/jeb.13903Hughes, N.M. et al. (2022). Coevolution and photoprotection as complementary hypotheses for autumn leaf reddening. New Phytologist, 233(3), 1089–1096. DOI : 10.1111/nph.17735Lee, D.W. & Gould, K.S. (2002). Why leaves turn red. American Scientist, 90(6), 524–531.Feild, T.S. et al. (2001). Why leaves in autumn turn red. Nature, 410, 258–261. DOI : 10.1038/35065603

Chaque année, quelques nuits après la pleine lune, des milliards de coraux pondent simultanément sur la Grande Barrière de Corail. Dans une fenêtre de trente minutes. Visible depuis l'espace. Et ce n'est pas un hasard, c'est la lune qui donne le signal.Dans cet épisode d'Asili, on découvre comment un astre à 384 000 kilomètres de distance orchestre silencieusement la vie sur Terre. Pour regarder la pleine lune autrement, ce soir.Publications scientifiques :Andreatta, G. & Tessmar-Raible, K. (2022). The still dark side of the moon: molecular mechanisms of lunar-controlled rhythms and clocks. Journal of Molecular Biology, 434(12). DOI : 10.1016/j.jmb.2022.167175Tessmar-Raible, K. et al. (2023). Another place, another timer: Marine species and the rhythms of life. Annual Review of Marine Science, 15, 29–59. DOI : 10.1146/annurev-marine-021022-063233Zantke, J. et al. (2013). Circadian and Circalunar Clock Interactions in a Marine Annelid. Cell Reports, 5(1), 99–113. DOI : 10.1016/j.celrep.2013.08.031Kaniewska, P. et al. (2015). Signaling cascades and the importance of moonlight in coral broadcast mass spawning. eLife, 4, e09991. DOI : 10.7554/eLife.09991Ayalon, I. et al. (2021). Coral gametogenesis collapse under artificial light pollution. Current Biology, 31(2), 413–419. DOI : 10.1016/j.cub.2020.10.039Hedenström, A. et al. (2025). Lunar cycle and moonlight intensity influence nocturnal migration patterns in a small songbird. Scientific Reports. DOI : 10.1038/s41598-025-94617-9Zimecki, M. (2006). The lunar cycle: effects on human and animal behavior and physiology. Postepy Higieny i Medycyny Doswiadczalnej, 60, 1–7. PMID : 16407788

Pendant des épisodes entiers, on a exploré ce que nous avons cassé dans le vivant. Aujourd'hui, on parle de ce que nous essayons de réparer et de comment le faire. Le rewilding, c'est l'idée que la nature, si on lui en redonne les conditions, sait encore ce qu'elle fait.Dans cet épisode d'Asili, on termine notre série sur les cascades trophiques sur une note d'espoir. Pour en ressortir avec l'envie d'agir.Publications scientifiques :Soulé, M.E. & Noss, R. (1998). Rewilding and biodiversity: complementary goals for continental conservation. Wild Earth, 8, 18–28.Perino, A. et al. (2019). Rewilding complex ecosystems. Science, 364(6438). DOI : 10.1126/science.aav5570Svenning, J.-C. et al. (2016). Science for a wilder Anthropocene: Synthesis and future directions for trophic rewilding research. PNAS, 113(4), 898–906. DOI : 10.1073/pnas.1502556112Pettorelli, N., Durant, S.M., du Toit, J.T. (eds.) (2019). Rewilding. Cambridge University Press. DOI : 10.1017/9781108560962Seddon, P.J. et al. (2014). Reversing defaunation: Restoring species in a changing world. Science, 345(6195), 406–412. DOI : 10.1126/science.1251818Peterken, G. & Mountford, E. (2017). Woodland Development: A Long-term Study of Monks Wood National Nature Reserve. Pelagic Publishing.Bakker, E.S. & Svenning, J.-C. (2018). Trophic rewilding: Impact on ecosystems under land use and climate change. Philosophical Transactions of the Royal Society B, 373. DOI : 10.1098/rstb.2017.0432

Une arche de pierre tient grâce à une seule pièce la clé de voûte. Retirez-la, et tout s'effondre. Dans le vivant, certaines espèces jouent exactement ce rôle. On les appelle les espèces keystone, et leur disparition déclenche des cascades que personne n'avait anticipées.Dans cet épisode d'Asili, on donne un nom à tout ce qu'on a exploré dans cette série. Pour en ressortir avec une vision différente du vivant.Publications scientifiques :Paine, R.T. (1966). Food web complexity and species diversity. The American Naturalist, 100(910), 65–75. DOI : 10.1086/282400Paine, R.T. (1969). A note on trophic complexity and community stability. The American Naturalist, 103(929), 91–93. DOI : 10.1086/282586Power, M.E. et al. (1996). Challenges in the quest for keystones. BioScience, 46(8), 609–620. DOI : 10.2307/1312990Estes, J.A., Terborgh, J., Brashares, J.S. et al. (2011). Trophic downgrading of planet Earth. Science, 333(6040), 301–306. DOI : 10.1126/science.1205106Harrison, R.D. (2005). Figs and the diversity of tropical rainforests. BioScience, 55(12), 1053–1064. DOI : 10.1641/0006-3568(2005)055[1053:FATDOT]2.0.CO;2Cardoso, A.W. et al. (2020). The role of forest elephants in shaping tropical forest-savanna coexistence. Ecosystems, 23, 602–616. DOI : 10.1007/s10021-019-00424-3Salomon, A.K. et al. (2010). Key features and context-dependence of fishery-induced trophic cascades. Conservation Biology, 24(2), 382–394. DOI : 10.1111/j.1523-1739.2009.01436.x

Une forêt qui pousse dans l'eau salée, entre la terre et la mer. Qui abrite des espèces qu'on ne trouve nulle part ailleurs sur Terre. Et qui séquestre dix fois plus de carbone par hectare que la forêt amazonienne.Dans cet épisode d'Asili, on explore l'un des écosystèmes les plus extraordinaires et les plus menacés de notre planète. Pour en ressortir émerveillés et un peu plus conscients.Publications scientifiques :Donato, D.C., Kauffman, J.B., Murdiyarso, D. et al. (2011). Mangroves among the most carbon-rich forests in the tropics. Nature Geoscience, 4, 293–297. DOI : 10.1038/ngeo1123Alongi, D.M. (2014). Carbon cycling and storage in mangrove forests. Annual Review of Marine Science, 6, 195–219. DOI : 10.1146/annurev-marine-010213-135020Kauffman, J.B. et al. (2020). The jumbo carbon footprint of a shrimp: carbon losses from mangrove deforestation. Frontiers in Ecology and the Environment, 15(4), 183–188. DOI : 10.1002/fee.1482Hamilton, S.E. & Friess, D.A. (2018). Global carbon stocks and potential emissions due to mangrove deforestation from 2000 to 2012. Nature Climate Change, 8, 240–244. DOI : 10.1038/s41558-018-0090-4Luther, D.A. & Greenberg, R. (2009). Mangroves: A Global Perspective on the Evolution and Conservation of Their Terrestrial Vertebrates. BioScience, 59(7), 602–612. DOI : 10.1525/bio.2009.59.7.11Lovelock, C.E. et al. (2024). Mangrove ecology guiding the use of mangroves as nature-based solutions. Journal of Ecology, 112(9), 1-15. DOI : 10.1111/1365-2745.14383Kumara, M.P. et al. (2023). Recovery of Mangrove Ecosystem Carbon Stocks Through Reforestation at Abandoned Shrimp Pond in Southeast Thailand. Ecosystem Health and Sustainability. DOI : 10.34133/ehs.0018

Sans elle, des forêts sous-marines entières disparaissent. Avec elle, elles prospèrent abritant des milliers d'espèces et séquestrant des millions de tonnes de carbone. Elle pèse 40 kilos et casse des oursins avec une pierre.Dans cet épisode d'Asili, on plonge dans les eaux froides du Pacifique Nord pour comprendre comment une loutre de mer peut faire la différence entre une forêt et un désert. Pour en ressortir émerveillés.Publications scientifiques :Estes, J.A. & Palmisano, J.F. (1974). Sea otters: their role in structuring nearshore communities. Science, 185(4156), 1058–1060. DOI : 10.1126/science.185.4156.1058Wilmers, C.C., Estes, J.A., Edwards, M., Laidre, K., Konar, B. (2012). Do trophic cascades affect the storage and flux of atmospheric carbon? An analysis of sea otters and kelp forests. Frontiers in Ecology and the Environment, 10(8), 409–415. DOI : 10.1890/110176Estes, J.A., Terborgh, J., Brashares, J.S. et al. (2011). Trophic downgrading of planet Earth. Science, 333(6040), 301–306. DOI : 10.1126/science.1205106Estes, J.A., Burdin, A., Doak, D.F. (2015). Sea otters, kelp forests, and the extinction of Steller's sea cow. PNAS, 113(4), 880–885. DOI : 10.1073/pnas.1502552112Estes, J.A., Tinker, M.T., Williams, T.M., Doak, D.F. (1998). Killer whale predation on sea otters linking oceanic and nearshore ecosystems. Science, 282(5388), 473–476. DOI : 10.1126/science.282.5388.473Hughes, B.B. et al. (2013). Recovery of a top predator mediates negative eutrophic effects on seagrass. PNAS, 110(38), 15313–15318. DOI : 10.1073/pnas.1302805110

Une baleine plonge, se nourrit en profondeur, remonte en surface et défèque. Ce moment banal est peut-être l'un des actes les plus importants pour l'équilibre climatique de notre planète.Dans cet épisode d'Asili, on découvre pourquoi les plus grands animaux que la Terre ait jamais portés sont aussi parmi ses gardiens les plus silencieux. Pour en ressortir émerveillés.Publications scientifiques :Roman, J. & McCarthy, J.J. (2010). The Whale Pump: Marine Mammals Enhance Primary Productivity in a Coastal Basin. PLOS ONE, 5(10), e13255. DOI : 10.1371/journal.pone.0013255Roman, J. & Palumbi, S.R. (2003). Whales Before Whaling in the North Atlantic. Science, 301(5632), 508–510. DOI : 10.1126/science.1084524Roman, J. et al. (2014). Whales as Marine Ecosystem Engineers. Frontiers in Ecology and the Environment, 12(7), 377–385. DOI : 10.1890/130220Pershing, A.J. et al. (2010). The Impact of Whaling on the Ocean Carbon Cycle: Why Bigger Was Better. PLOS ONE, 5(8), e12444. DOI : 10.1371/journal.pone.0012444Choy, C.A. et al. (2021). The collapse and recovery potential of carbon sequestration by baleen whales in the Southern Ocean. DOI : 10.1101/2020.11.30.404863Savoca, M.S. et al. (2021). Baleen whale prey consumption based on high-resolution foraging measurements. Nature, 599, 85–90. DOI : 10.1038/s41586-021-03991-5Cavan, E.L. et al. (2023). Do whales really increase the oceanic removal of atmospheric carbon? Frontiers in Marine Science. DOI : 10.3389/fmars.2023.1117409Smith, C.R. et al. (2015). Whale-Fall Ecosystems: Recent Insights into Ecology, Paleoecology, and Evolution. Annual Review of Marine Science, 7, 571–596. DOI : 10.1146/annurev-marine-010213-135144