#99 Generalization

自然科学研究機構・生理学研究所にて独立する萩原賢太さんゲスト回。アメリカの現状と脱出に至る過程、立ち上げるラボでのプロジェクト、五十嵐ラボ@東北大、など。 (9/16 収録)Show Notes (番組HP):Position inquiry用連絡先: [email protected]着任を待たずに准教授・助教公募を出せることになりました。学振PD、大学院進学を希望する方も是非早めに声かけてください。萩原ラボHP (beta) (新規ドメインとかいってハネられた場合こちらから)Allen Institute for Neural Dynamics生理研五十嵐さん五十嵐さん過去回 1 2,3 4 5藤島さんカレル北西さん回神経科学学会所長招聘セミナー直で教授になった萩原さんの先生生理研現所長・伊佐先生前所長・鍋倉先生生理研技術課自然科学研究機構の事務局NIPSリサーチフェローという独自フェローシップがある生理研大学院総研大大学院に興味のある方は体験入学制度もあるので是非FMIAllen/FMIでつかってるIVC(テクニプラスト社)奥山さん奥山さん回 1 2北村ラボ東大医学部教育研究棟GiocomoラボLeutgebラボMoserラボ部屋を11個作った研究Albert Leeの48mのでかい迷路デルタとかイプシロンとかiGluSnFR4Mini2pニューロモジュレーターを全脳で見るPerforated patch (pdf)レコーディングしてpost hocに染め物をするような研究RPEじぇれまいあIllana WittenのVTA深部イメージング論文スイスの元ボスAmygdalaのGRCGRC Basal GangliaVijay内田さんAMED五十嵐さんポスターさきがけ-生命力帰国発展研究Takaki Komiyama生理研トレーニングコースぶさきらぼSvobodaラボに行った五十嵐さん弟子の論文Buzsakiラボに行った五十嵐さん弟子の論文LongラボThomas McHughラボ金子先生くねりうむラボ: 正確には、新ラボメンバーにはまずジムがインプラントの手本を見せる。タイムリミットがあったプロジェクトでは結果的にジムが全部インプラントしたこともあった。とのことでした。ろーら・こるぎんpayline:上から何パーセントの申請書に予算が付くか年６回までしかNIH予算出せない河西先生R21R35東北大・国際卓越研究大学認定五十嵐ラボ＠東北大中川達貴さん大隅先生東北大学NeuroGlobal筒井先生松井先生佐々木先生坂野先生安田さんモーザーラボと東北大の合同セミナーMenno Witterアスコナギャツビー財団ピコカローニ狩野先生高橋先生インタビュー(pdf)横溝さん国家公務員の給料は国会議員を上回れないStanfordから東大経済が引き抜いた森郁恵先生Josh Johansen最近アナウンスした これにTomがBooってコメントつけてるのがウケる(萩)佐々木さんこれまでの過去ゲストがさんざん”参考になる”ジョブハント記録をシェアしてくれていたのに対して、あまり参考にならない体験談になってしまいました。ただ、日本の学会に顔出すとか人と会うとか、いらねーと思っていたMDが結果的に生きてくるとか「いい研究をすること」に加えて有効であったファクターのエッセンスは滲み出ているのではと思います。(1)給料水準 (2)給料着任までわからない文化 (3)着任まで異動を公表しづらい文化等、変わっていけばいいなと思います。大学医学部及び研究所の面接で何を聞かれたとか、スタートアップの額とかはシェアできるのでこっそり声かけてください。そしてラボ参加に興味ある方は是非お声がけください！ (萩)本当におめでとうございます！ラボの小部屋一つ収録スタジオにしましょう！(脇)記念すべき第100回エピソードが素晴らしいニュースで嬉しいです。第200回では何が起きるでしょうか。改めておめでとうございます！（藤）萩原君、あらためておめでとうございます！NRというコミュニティが研究者育成道場の役割を果たしているのだと思います。これから日本の神経科学を盛り立てて行ってください。日本の大学の給料や定年のメカニズムがよくならないのは、かつて教員は国家公務員であり、当時は国家公務員関連の法律に縛られていたのをいまだに引きずっているのが原因でしょうね。でも研究者獲得は世界レベルでの待ったなしの競争なので、世界水準の条件にどんどん変えていく必要があると思うのです。日本の国会議員は海外からオファーはもらえないけど、僕たち研究者は世界中からオファーがもらえますからね！日本の研究システムが少しでもよくなるよう、みんなで環境を良くしていきましょう！(五十嵐)

FSUの吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)ゲスト回。UW Shadlen研への留学、サル電気生理からマウス(HMS Harvey研)へ、新たなラボでの研究の方向性など (10/5 収録)Show Notes (番組HP):Florida State University吉良ラボHPFlorida State University (FSU)で新たに研究室を立ち上げました。脳が過去の経験をもとに、新しい環境でどのように適切な意思決定を行うか (Generalization) にフォーカスして研究を進めていく予定です。熱意あるポスドク・大学院生を募集しています。ご興味のある方は、ぜひお気軽にご連絡ください！NRジャーナルクラブ回Lake ConferencesFlorida Panhandleタラハシー市シアトルのあるワシントン州の州都はオリンピア。タコマは軍基地がある。Florida State University フロリダ州立大学服部さん (Scripps, The University of Florida フロリダ大学)Seminoles (FSU) vs Gators (UF)奥山 輝大さん (東大 定量研)北沢 茂先生 (現・阪大)宇賀 貴紀先生(現・山梨大)三谷 明範さん(Komiyama研PhD-&gt;Google-&gt;-Artera&gt;Apple)の宇賀研での仕事Saltzman/Newsome1992 最近の2光子Stim論文とかでこれを引いてないのはモグリだと思ってる(萩)Shadlen Newsome 1998 2001 一番刺さったShadlen et al 1996 (吉良)Goldman-Rakicのobituary in Nature. Funahashi/Goldman-Rakic1989が特によい(萩) Logothetis いまは中国にいるチュービンゲンのゴタゴタ Natureの記事、Scienceの記事Richard AxelDoris Tsaoのマウス、Tree shrewの仕事Davide ZoccolanJim DicarloMichael ShadlenPaul GlimcherRichard AndersenMichel GoldbergJacqueline GottliebBill NewsomeMante, Sussilo, Shenoy, NewsomeDaeyeol Lee このGameTheory/Social Decision-Makingの総説の印象が強い(萩)Xiao Jing WangそういえばLIPあんまり重要でなさそうというAlexHuk論文を議論してもよかったなと思いました。その後の展開をちゃんと追ってないので、LIP詳しい人のコメントを聞いてみたかったのでもしよかったらここで。(萩)Zhou &amp; Freedman は抑制したLIPの応答視覚領域(Response Field)の中に視覚刺激(ランダムドット)がある場合とターゲットがある場合を比較して、前者の方が後者より正答率が顕著に低下することを示しました。LIP抑制ではないですが、Fetsch et al はMTが抑制されても残存領域の代替により、意思決定機能は速やかに回復することを示しました。同様の現象は齧歯類でも報告があります(Kawai et al, Mizes et al, Hong et al, Quintana et al)。私自身も実験を通じて経験しており、今後の研究テーマ(脳の機能回復メカニズム)として掲げています。(吉良)Eb Fetz (UW)Roozbeh Kiani (NYU)Tim Hanks (UC Davis)Anne Churchland (UCLA)Mehrdad Jazayeri (MIT)Josh Gold (U Penn)Tianming Yang (ION 中国科学院 )Probabilistic reasoning by neuronsNeural Implementation of Wald’s Sequential Probability Ratioランダムドットタスク今年出したヒトのPsychophysics論文NIH RexPsychoPyリアルタイムOSMixed Selectivity 論文Tirin MooreFEF:Frontal eye field,眼球運動に対応する運動野だがselective attentionもやっているNHP NeuropixelSteppingとRampingの議論Neuropixel記録論文: Drift-Diffusion Modelの実証Elizabeth BaffaloMemory-Guided Saccade TaskStefano FusiRigotti et al (Mixed selectivity)Barnerdi et al (CCGP: Cross Condition Generalization Performance)Schemaを使ったCategorizationの簡潔な総説を五十嵐さんが書いているSaltzman &amp; FusiCourellis et al (ヒトの神経活動をCCGPで解析)Attila Losonczy  (現在はUniversity of Texas South Western)Larry AbbottKen MillerLiam PaninskiAllen D3Laura DriscollNathaniel DawPeter DayanThalamusのU-19 GrantShaul Druckmann大久保 達夫さん NR出演回加藤 郁佳さん NR出演回Chris HarveyHarveyTank 2012 2012年3月なのでまさにSalk滞在中に出版されて読んでた(萩)HattoriさんのRSCの論文 (Hattori 2019)JeremiahのmPFCの論文 (Bari 2019)Default mode networkDelay (non) match to sample taskShadlenのOdorの論文JerryChenのS1/S2の論文, S1しか見てない論文Voitov &amp; Mrsic-Flogel論文 ちなみに前述のLosonczy研にいてNYに残った知り合いというのはこのIvan(萩)<a href

理研CBSの長井淳さん(@JunNagaiLab)ゲスト回(後編)。アストロサイトが日をまたいだエピソード記憶の安定化に寄与するという新作論文の解説、人の採用、PIとしていかに研究に時間を使うかなど (9/19 収録)Show Notes (番組HP):論文リンクTissueCyte (2p-tomography)Ai14 cre-dependentなCAG-tdTom reporterマウスラインLaura DeNardoTom McHughJosh JohansenHitoshi OkamotoRoy et al. 2022 DeNardo et al. 2019 TRAP2のキャラクタライズ論文北沢さんとのmGluR-&gt;Fosの議論をしたNR回柳下さんも参加してたFosのジャーナルクラブのNR回当論文のPeer Review File (pdf)内藤コンファレンス（第５０回グリア細胞が先導する脳機能）シャトレーゼキングダム(昔はサッポロ・テルメだった)Benjamin Deneen がastrocyte Fos taggingをしてそうだなと思ったイントロの論文Williamson et al. 2025 Nature初期のRAM論文 はFosのミニマルプロモータの上流にNpas4の活動依存エンハンサーを複数タンデムという謎デザイン (なので発現はエンドのFosともNpas4ともズレそう)Yingxi Linの本丸F-RAM/N-RAM論文 ここで使われたF-RAMはFosのミニマルプロモータにFosのエンハンサーを複数タンデム(なのでエンドのFosとのオーバーラップが高いだろうという主張)ニューロンは異なるserotypeを混ぜた方が取り込みがよい?九大・増田さんSuhdofの統計やばかったNature論文統計のFalse Posiであるという疑義Matters Arisingと、それに対するSudhofの反駁(定期ゲスト)北沢さんSteve Ramirezの2023 J Neurosci論文安田涼平さん 過去NR登場回 因みに、収録後, copyeditで文字数制限のため”eligibility”はタイトルから除かれました (長井)Karim Naderreconsolidation 総説1, 2recallとretrievalに関してはこのFrankland,Josselyn,Köhlerの総説がかなり意識的に使い分けているAtomic Force Microscopyなぜか安田さんが一時期AFMやってた一人で没頭できる環境を大切に by Bal KhakhEditorial Notes:「足首に巻いていたミサンガ（友達の子供がくれた）が切れて、ほどなくして論文アクセプトされました。ミサンガってすごいなあ」とプレスリリースの著者コメント欄に書いたら、真面目にコメントくださいと理研に消されたのでここに書いておきます。(長井)最近のあるある「ゲストのほうがNR過去回の内容をよく覚えている」。　(萩)１個のアストロサイトは何個ものシナプスを包んでいるイメージですが、Fos発現アストロはFos発現ニューロンのシナプスや細胞体に接しているのか、受容体発現変化にsubcellularな局所性はあるのか…など気になりました。あと、人工的なニューラルネットワークによる脳のモデリングを行う際、アストロサイト要素を組み込むとしたらどういう実装になるのかなぁ、など妄想が膨らみました。面白かったです！（脇）

理研CBSの長井淳さん(@JunNagaiLab)ゲスト回(前編)。どうしてグリア研究に至ったか。大学院時代の”思い出”、再現性問題、バル・カークとのポスドク生活など (9/19 収録)Show Notes (番組HP):理研CBSグリア-神経回路動態研究チーム (長井ラボ)やたらうまいてんぷらを食べる我々柳下さんまこっちゃん (長井と早稲田大学生命医科学科の同級生) 過去NR登場回:1,2,3音楽で溢れる家庭で盲目のピアニスト辻井伸行さん 安田涼平さん 過去NR登場回誤：慶應医学部の先生が引退して　正：慶應医学部卒の早稲田大学名誉教授竜田邦明先生が理工学研究科長(当時)として(長井)TWIns大島登志男先生御子柴克彦先生花嶋先生坂内さん早稲田って人をバカにさせる大学　例2コ上の先輩と会社やってるCdk5とReelinシグナリングの仕事Tom CarmichaelDC1の締切に向けてcultureの系に切り替えてまとめた仕事Bal Khakh役人から見ていろんな研究やってるなっていう (そうなっているのだろうか…) (長井)Michael Sofroniewアストロ”スカー”/ボーダーの見方を大きく変えたNature2016論文InscopixInscopix miniaturized scopeの元になった原著(Ghosh2011 Nat.Methods) 原価1-10USDでした(萩)UCLA miniscopeEppendorfのmicroloader  個人的には火でシリンジ引いたことはないです(萩)お世話になった元同僚 Xinzhu Yu (現UT Houston)の”CalEx” 2018Neuron論文Yi ZuoNIH Directors Pioneer Award (DP1)CEPsh glia 線虫のアストロサイト様細胞　参考: worm, fly, fish, mouse, humanのアストロサイトアストロサイトはextracellular compartmentalizationECM: ExtraCellular Matrix　水分子チャネル アクアポリングルタミン酸トランスポーターGLT1 on 神経 GLT1がシナプスの周りにあるCHDI FoundationアストロのAldh1l1-CreERT2ライン等を作った論文(2016年Neuron)2019年の線状体アストロサイトに関するCell論文GABAB受容体とGIRKアストロのRNA-seqデータベースKCNQがD1の下流で動くGq primingでGi-mediated カルシウムATPアストロをprimingしておくとGABAでCaが上がるアストロ反応がgateされる最近のScience論文GfaABC1Dプロモータ by Michael BrennermicroRNA targeting sequenceでアストロ特異性を担保したCre AAVスロンボスポンジンはシナプトジェネシスシグナルBen BarresNicola AllenによるPreviewNature 2018でHailan Huが参考にした Nature Neuro 2014 by Khakh labHailan HuによるNature News&amp;ViewsMasmanidis発生期にD1/D2特異的アストロサイトが存在する(かも)、でも成体期では形態的特異性なし(Fig. 5)。Michael FanselowJosh JohansenAndrew HolmesラジバンダリOlena BukaloHolmesのtouchscreenプロトコル論文Maiken NedergaardHajime HiraseがYusteのところでCaとった (実験自体はむしろブザキ研時代?)  でしたね。すみません(長井)iβARKOptoXR by DeisserothEme KatoさんMelanopsinParapinopsinOPN3 の応用tool by Oferchicken OPN5　GPCR系Opsinは共役しているG-proteinが生物種や細胞によって異なるらしく複雑ですね(長井)RCaMP3 by 坂本さんSERCA inhibitor (CPA)でアストロCaが上がる (Fig. 4D-E)Editorial Notes:自分で基準と期間(締切意識)を設けるようになったのは、早稲田でお祭りモードが長かった反省からかも(長井)Upでバーンは嫌だな...昔ガラスでひどく手を切ったことがあるので(萩)院時代アストロ研究を横目で見ていましたが、当時からすると、自由行動下vivoイメージングの技術が進んで生理的条件での機能の理解が進んでますね(神経にも当てはまるが、アストロでは電気生理的手法が使えないので、よりジャンプが大きい印象)。血管との関連ももっと解像度高くなりそう(脇)

韓国Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)で来年2月に独立するJHUの長濱さん(@k_hammer_1001 )再登場回。前回登場時からのアップデート。 (9/11 収録)Show Notes (番組HP):連絡先:https://bsky.app/profile/k-hammer.bsky.social ; https://x.com/k_hammer_1001 ; email: [email protected]長濱さんNR初回登場回井上（昌俊）さんJung Hoや井上（昌）さんとの日本神経科学会でのシンポジウムシーズンオフ、ホットシーズン：アメリカのjob marketは大体8月後半-9月から翌年2-3月がjob openingの盛んなシーズンはんべー（Hyungbae Kwon)アポスティーユ公証人¬ary: 1 や 2犯罪歴証明書Kanghoon JungSynapShot論文:Son, Nagahama et al., Nat. Methods 2024; Dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP)とsynapse organizer (Nlgn1とNrxn1β)を用いることで、可逆性がある蛍光シグナルをベースにシナプスの構造学的な変動を追跡していくツール。 Chuljung KwakGuo, Svoboda et al. マウス行動プロトコル論文シャンデリアセル+テクスチャ―の論文iTango2の論文GRASP, mGRASP, eGRASPGFP reconstitution across synaptic partners (GRASP): Feinberg et al., Neuron 2008 https://www.cell.com/AJHG/fulltext/S0896-6273(07)01020-3mGRASP: Kim, J. et al, Nat. Methods 2012 (Jeffrey C. Magee lab)eGRASP: 明るくしてvivoへの応用※同様のシナプス形成の可視化ツールとして、Sudhof labからのSynView: Tsetsenis et al., J. Neurosci. 2014　(https://www.jneurosci.org/content/34/45/15083.short)があります（長濱）Split-GFP: beta-barrel structure of GFP (1-10 &amp; 11th 16残基, 215-230 amino acids)とsynapse organizerを組み合わせて、シナプス形成を可視化するツール。論文：https://www.nature.com/articles/nmeth932dimerization-dependent fluorescent protein (ddFP): 二つのモノマー（copy A &amp; copy B）がヘテロダイマーを形成することで、蛍光を発色するタンパク質。Robert Campbell研で開発。論文1 (ddRFP): Alford et al., Cell Chemical Biology 2012  論文2 (ddGFP &amp; ddYFP): Alford et al., ACS Synthetic Biology 2012 Won Do Heo※SynapShotの論文上では、IBS (Institute for Basic Science)で独立している Sangkyu Lee もco-corresponding authorになっています（長濱）OptoTrkBの論文: SynapShot論文でもFig. 3のdual-colorのimagingで使用。Small GTPaseの論文（optogenetic manipulation toolではなく、ddFPベースのbiosensorでした（長濱））：https://www.nature.com/articles/s41467-018-08217-3KAIST (Korea Advanced Institute of Science and Technology)Tobias MeyerMeyer研からBDRで独立した方：調べたら小長谷 有美さんでした。井上（Takanori Inoue）さんかんふんのescape behaviorの論文じょんほーのセロトニンの論文牧野さんの回小川さん; NR登場回ジョブハントでお世話になった方々: UTSWの藤田（Hirofumi Fujita）さん ,　OHIO-State の二本垣（Yuta Nihongaki）さん, 3人目は当然Jung Ho Hyun Future PI Slackかりごうさん回Referenceをお願いした方々: Paul Worley 狩野方伸先生 かりごう (Tomomi Karigo) さん 上阪さんNelson SprustonMax Planck: Max Planck Florida Institute for Neuroscience（MPFI）H-1BやJ1: アメリカのビザの種類。ポスドクは概ねJ1（交流訪問者ビザ）で渡米し、5年満期に達したところでH-1B（非移民就労ビザ）にビザ変更を行う。みんひゃお（Minhyeok Chang） すしアカデミーは70万円かかる4つあるIST (Institute of Science and Technology): UNIST, KAISTの他に、DGIST, GIST基本的には、USと似た方式でjob openingがある: 各大学・研究所がシーズン毎にtenure-track assistant professorのpositionを募集する。Soul National University（ソウル大学）Yonsei UniversityKorea University酒に頼りがち、ボルチモアクラフトビールKajikenDaikaya新潟大学脳研のシンポ三國さん藤島さんERC (European Research Council) starting grantK: アメリカのキャリアグラントのひとつであるK99のことScienceのcommentary: We started our Ph.D.s during COVID-19. Now, we’re graduating into political chaosHigh BrainBong-Kiun KaangHee-Sup ShinEunjoon Kim IBS: Institute for Basic ScienceSebastien RoyerKIST (Korea Institute of Science and Technology) 韓国のGrant: National Research Foundation in Korea (NRF) がメイン。異なる時期にグラント締め切りあり。Korea Health Industry Development Institute (KHIDI) のようなAMEDに類似した団体もある。長濱ラボのバイオロジー:Biological commonalities across diverse psychiatric and neurological disordersSetd1aの論文Joshua A. GordonBipolar disorderとSchizophreniaがgeneticに似ている 1 2 3プレコックス感Nlgn3 KOマウスのケージメイトの行動異常論文長濱ラボ宣伝2026年2月から開設予定@Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST)Graduate School of Health Science and Technology (HST)大学院生は熱烈歓迎：https://admg-intl.unist.ac.kr/admissions/guidelines/2026 Spring 2nd 10/13/2025-10/22/20252026 Fall 4/6/2026-4/15/2026ポスドク：随時募集（予算次第ですが、興味がある方はお気軽にご連絡ください by長濱）Lab HPEditorial Notes:熱意のある大学院生・ポスドクの方々絶賛募集中です。ラボメンが皆それぞれにhappyでいられるような環境作りに向けて努力していく所存です。”日本に帰るつもりだったなら、医師免許使えよ”というツッコミは、自身に臨床医としての自覚が欠如しているため、お控えください（長濱）。韓国はインチョン空港にしか行ったことがないので、遊びに行くよい口実ができました(萩)独立おめでとうございます！日本が参考にすべきなのは、アメリカより欧州・アジアのやり方だとよく思うので、韓国アカデミアがどうやっているのかは非常に参考になりました。今後も色々伺うのが楽しみです！(脇)

１人雑談、１人宣伝、１人お便りフォーム回収回。 (8/15-18 収録)Show Notes (番組HP):お便りフォームボストンのティラミス屋カルマコーヒーファイバーフォトメトリ自作プロトコル 1 2iGluSnFR4 プレプリントAmo et al. 2024Warren Alpert Distinguished ScholarEditorial Notes:ギラデリの塩キャラメル割と好きなのでかりふぉーにゃの人はお土産に下さい。ダークヒーローといえばコードギアスのルルーシュなんですが、今の若い人は知らねーだろーなー。(萩)

定期ゲスト北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 回。直近に公開した自身のHisTrac-seqプレプリントと(と競合LagTagプレプリントの)解説回 (8/17 収録)Show Notes (番組HP):HiTrac-seqプレプリントLagTagプレプリント北沢ラボ Elowitz labDANDRITEYodai Takei et al. DNA FISH with Long Cai (Caltech)DNA Typewriter first author (Choi)Dam 元論文とかReviewとか 1 2 3 4Dam m6A は DNA replicationまで数時間は残る 1 2Jay SchendureやちえさんNozomu YachieDNA Typewriter (CRISPR)ENGRAM (Enhancer-driven genomic recording of transcriptional activity in multiplex)DCM-TM (DNA cytosine methyltranferase time machine)Vas ban SteenselJop Kindban Steensel &amp; Kind DamID paperdTAG degronDam-Intein protein level translationPEST sequenceAndrea BrandDam protein level regulation with translation reinitiation in vivoVVF (AAV)Dam single cell paper (plate-based) 1 2 10x ATAC-seqsingle-cell CUT&amp;Tag (10x platform) 1 2m6A-tracer live imagingnanoCT (nanobody single cell CUT&amp;Tag) 1 2Gonçalo Castelo-Branco (Karolinska Institute)Plate scDamID (できる人が来た)DANDRITE SymposiumChao Sun (元Erin Schuman lab)Michael GreenbergAlex SchierFiona MullnerSadegh (Sadegh Nabavi)FMIはERC 75%!Thomas KimSeth BlackshawEditorial Notes:今年は帰国せず北欧の快適な夏を過ごしてしまいましたが、来年はNeuro (神戸?) 行こうと思っているのでよろしくお願いします！　(北沢)論文が出るから公開タイミングを合わせる、というのはやってきたけど、競合プレプリントが出たから急いで収録・公開というのは初パターン (萩)3年でこんなに進むもんなんですね…ってコメントしようとしたら、去年のエピソードの時点で「2年でこんなに進むもんなんですね」とびっくりしていた。来年はいくら進んでいても驚きません！(脇)

University of South Carolinaで独立した小川優樹さん(@YukiOgawaPhD)ゲスト回。AISに興味を持つようになるまでの過程、ポスドクを行ったBaylor Collegeでの研究、ジョブハント体験記、最新作Hide-and-seekに関するディスカッション、今後の展望について (2/22 収録)Show Notes (番組HP):小川さんラボHP岡野ジェイムス洋尚ラボ（再生医学研究室）Matthew Rasband lab星でやっていた薬物依存の研究岡野ジェイムス洋尚先生慶應の岡野栄之先生パーキンソン病患者の脳内に胎児からの幹細胞を打って改善？薬物依存における神経変性： 1 2岡野ジェイムス洋尚先生が昔からやっていた研究の例院でやっていたHuCの研究 (院での研究その1, KIFの内容は論文に出してました by 小)Robert Darnell labHITS-CLIPKIFレビューAnkyrin Gがなくなると軸索がなくなる (より正確には、「軸索が樹状突起っぽくなる」でした by 小)Neuronの突起はデフォルトが樹状突起になっているようで、軸索へのspecificationにAnkyrinGが関わっています by 小小脳だとHuCが多いのtable2胎児期と大人で変わってくる (院での研究その2)軸索にはDNAがないミトコンドリアが集積する、のプレプリントAxon carrying dendriteの報告論文とリップル参加率の違いPaclitaxelを培養ニューロンに処理すると軸索が増える：1 2以前に留学していた吉村武先生International Society of Neurochemistry (日本神経化学会の国際学会)の合宿、advanced school神経化学会の雑誌で記事を書いています by 小山本先生ラボ (その後ゲストとして登場して先に公開されてます)MD Anderson Cancer CenterAISのタンパク質をBioID法で網羅的に解析した論文BioID法、元論文UCLAでの共同研究先：UCSFでした、間違えました(泣) by 小Adelson FoundationsMattラボで最初に出したRanbp2論文抗体のクオリティ問題に関するエッセイAAV crude prepのAllenのプロトコルHide-and-Seek論文ではHEKを凍結融解しない方法を採用しています。細胞を壊さないためToxicな成分が少ないのかなと思ってはいますが比較したことはないです。 by 小HiUGE法 (HDR非依存ノックイン)Mattラボでのメインワーク 日本語の記事SLENDR (HDR依存ノックイン)vSLENDR (HDR依存ノックイン)HITI (HDR非依存ノックイン)Split Cas9smFPスパゲッティ・モンスター教宮脇敦史先生の蛍光タンパク質の本TurboIDUltraID日本で開発されたAirIDは直接相互作用しているタンパクの同定に適しているそうです論文中で使った抗体依存的なビオチン化 1 2 3同時期に出た、permeabilitzation後にラベルした論文 (共同研究その1)Split TurboID高野さん高野さんの三者間シナプスでのSplit-TurboIDSubhojit Roy共同研究その2共同研究その3五十嵐先生井上さんご夫妻Outlookでエキスポートする方法Carolina Autism and Neurodevelopment (CAN) Research CenterUniversity of South CarolinaのDepartment of Biological SciencesThe Medical University of South CarolinaHide-and-Seekのプレプリント（が論文になったもの）Gephyrinはどこまで重要か、の議論Taniguchiさんのシャンデリア論文MADMCiliaセロトニンレセプターが良く出ている池谷研からBLA axo-axonic cell のgenetic labelingIntersectional な方法でのaxo-axonic cell labeling興奮性に働くAxo-axonic synapsedevelopment中のGABAは興奮性大学側がNIHを書くなと言ってくる例Zillow (普通留学中はアパートを借りると思いますが、一軒家を借りようとしたので手間取りました。アパートなら普通に借りれたと思います。前ボスからは「5年以上住むなら家を買うのはあり」と言われました。 by 小)羊土社の留学本近接依存性標識プロトコルの本分生でのシンポジウムこの度は呼んで頂きありがとうございました！ジョブハントは業績も大事ですがマッチングも大事です。論文がトップジャーナルに載らなくても採用のチャンスは十分にあると感じました。またこのラジオで神経分子研究の面白さが少しでも伝わっていれば嬉しいです。研究内容などに興味・ご相談のある方はお気軽にご連絡ください (小川)使ったことはないものの学びたかった手法が盛りだくさんだったので役得感ありました(萩原) 追記:公開までに半年空いた(revisionお疲れ様でした)ので聴き直してみましたが、全然内容覚えてなかったので再び学びがありました。使用しているメソッドの特徴が「これを解析するために作られた！」というくらい興味対象にピッタリとハマっているのが印象的でした (脇)

Klecknerラボ、この秋からUMass アマーストで独立予定、Researchat.fmのTadasu Nozaki (@tadasu443)さんがゲスト。大学の近況、ジョブハント経験談、独立後の研究の方向性、染色体ペアリング馴れ初め、授業計画、遺伝研での生活について (5/25 収録)Show Notes (番組HP):Researchat.fmKlecknerラボ … Nancy Klecknerは本当に偉大な研究者だと思う。一緒に仕事できてよかった (tds)。博士の時の代表的な仕事 1 2 …前島先生、そしてたくさんの方にお世話になりました(tds)ポスドクの仕事：Rapid homologue juxtapositiontadasuの留学紀五十嵐さん回 1 2 3 4の就活ノート … 本当にすばらしく参考になりました 。ありがとうございました。(tds)安田さん回 … 背中をおしていただいた回。Ryoheiさんの「アメリカで研究続けるの？」というストレートな問いに、NRの二人がもにょっているのがいい (tds)Jeff Lichtman … 名前ど忘れ&amp;読み方分からなかった... (tds)NeuroRadio聴いたほうが良いっすよ … 本当にNRの人気が高い (tds)ハンナグレイフェローシップ辞めるか否かコロンビアは謝ったけど結局予算止まっている永島さんラボStadtmanUMass Department of Biology … tadasuの就職先ハエはテストチューブ、山本さん回 1 2キバハリアリは染色体が１本 … 遺伝研今井先生の研究アリとかハチは半倍数性シダの一種だと1000以上 … Ophioderma pendulum L (n= c. 630) Ninan 1958 Cytologia, 日本メンデル協会のキトロギアから出版されていた。ウチダザリガニ300とか … 2n=376 by NiiyamaカモノハシはXY染色体はたくさん … X1,X2,X3,X4,X5, Y1,Y2,Y3,Y4,Y5ホエザルの性染色体クモの性染色体Trillium (ブルワリー)エンレイソウ北大の校章相同ペアリング中の染色体の絡まりコムギは85%がリピート染色体のばらつきと適応度  … 折角ふっていただいたのに、適当な議論だったかもしれないと反省。帰国後、やっと読むことができた鶴崎先生のご著書の中で、ザトウムシと染色体のばらつき、適応度、移動性に関する議論がしっかりされていた。もうちょっとよく考えたい。鶴崎先生のザトウムシ本、面白すぎるので皆様にぜひ読んでいただきたい (tds)Hi-CdCasでのラベリング石黒さんCloneSelect齋藤さんNR出演回 1 2 3前島ラボ … 前島先生には本当にお世話になりました。世界最高峰のクロマチン・染色体研究ラボの一つだと思いますのでご興味がある方はぜひ訪問してみてください(tds)。30 nm ファイバーはアーティファクト、2008年論文、2012年論文1、2012年論文2少数性生物学 … あまりにも最高すぎてよかった。未だに少数性について考えている。少数性reunionやってほしい。今ならいろいろ議論できることもありそう。(tds)永井先生ディクティの面白い生態 … このニュースレターのP.17で堀川先生が議論されている、細胞何個で子実体ができるのか問題。実はディクティは減数分裂に非常に重要なSpo11とRec8というタンパク質のホモログを持っておらず、その実態は謎に包まれている (tds)。Denoisingの論文平岡先生Horsetail Movement論文分裂酵母と出芽酵母の減数分裂方法の違い … 分裂酵母は染色体が少なくてみやすい。が、真核生物で広くみられるsynaptonemal complexがない（似たような構造はある)。そして、crossover interferenceも分裂酵母にはない。出芽酵母にはsynaptonemal complexとcrossover interferenceの両方がある。組換えの分子メカニズムは良く保存されている。岡田先生野地先生少数性生物学トレーニングコース … 最高だった(tds)Woods Hole MBLのトレーニングコースAlphaFold3のコード公開に関するゴタゴタDDBJアメリカの気象情報が無くなる？Cas9と配列は似てないが構造が似ているもののスクリーニング … LLMで生成してAlphafoldで予測、その中から良さげなものを人力でチェック！といいつつこれも一年前の論文なのでその後の動向をチェックする必要がある。50%ではなかったかも...FoldseekJerry Chenの論文について扱ったNR回浜ホトのORCA-Quest (最新型の2)ORCA-Fusion BTAndorのiXon EMCCDORCA-Flash (最新型の4 v3)W-View Gemini木下Jr: 安田さんの大学院時代の指導教官、故・木下一彦氏Gemini を使った仕事(再掲)ScanImage8個同時パッチ in vitro のコンフィグレーション酵母のTetrad dissectionGitHubをラボノートにするリサーチャット蛇口回Towards an understanding of the mechanism of heredity by Whitehouse … 読み比べた中では、メンデルからChromosome theory, crossover, linkage, mutation, geneまでの導出がすばらしい。クセが強すぎるのは間違いないが、遺伝学は実験に裏打ちされた論理的推論の学問であることを感じさせられる。論理的推論による遺伝学の研究系譜をちゃんとまとめたい (tds)。A history of genetics by Sturtevant PierceかGriffiths の教科書が、一般的なものの中では良さそう (tds)。物語　遺伝学の歴史 … 宮脇書店をぶらぶらしていたら見つけた平野先生の本。本当に内容がすばらしい。参考になるとおもったら上記のSturteavantの本を一部参考にしているとのことでした。入門として、そして研究者にも知識の整理としておすすめの本です。京都大学吉川秀夫先生の解説もとても参考になった(tds)。遺伝 … 1947年刊行。遺伝学普及会が作成している(隔？)月刊誌。某大学でバックナンバーを読んでいる。あまりにもおもしろすぎてまだ遺伝研が設立(1949)する年まで到達していない。遺伝学者がこれだけ自由闊達に議論している長期雑誌は世界にも類を見ないのではないだろうか。日本帰国時にちまちま読んだとして、最新号に到達するまで何年かかるのやら...1948年のどこかに書かれていた東北のあっぴ様（方言であひるらしい）という短脚の家系に関する調査はあまりにもおもしろくて圧巻だった。ルイセンコ騒動下の議論も生々しい。いつかセレクション集をつくりたい (tds)。菅野さんNR回小さいオンラインセミナーMAYosis 2023 … 小さいといっても参加者は数百人(?)ぐらい。このセミナーで私の研究の話を初めて聞いたという人も多く感謝している。運営の方々に感謝です (tds)COSYNE遺伝研総研大Vanderhaeghen lab岩田さん鐘巻ラボ西村さん渡瀨 成治さん<a href="https://www.zlab.bio/" target="_blank" rel="ugc noopener

NYU Long/Buzsakiラボの、藤島悠貴さん(@yfujishima_) さんがゲスト。近況アップデート、最近出た唄うマウスの行動解析論文、Krakauerのオピニオン論文を元にした議論、など (6/15 収録)Show Notes (番組HP):Michael LongGyuri BuzsákiPaul GlimcherDmitriy AronoがHHMIとったAttila LosonczyAlex WilliumsFlatiron InstituteEero Simoncelliダグラス・ウェバーのコーヒーミルSimonsさん亡くなったSimonsのブリッジグラントが再編成されてFellow-to-Faculty (FtF)にTime warpingのメソッドInternational Brain Laboratory (IBL)Caleb Kemere唄うマウスの行動解析論文: Fujishima and Long, 2025（補足）サーマルカメラを直接SLEAPに突っ込む: 16bitで保存された生データに対し、背景除去などいくつかのヒューリスティックな前処理を行った上で、8bit動画に変換し、SLEAPに流しています。詳細はメソッド欄をご参照ください。（藤島）コスタリカでのフィールドリサーチティンバーゲンは、species-specific behaviorを、その種に特有の本能的な行動と定義しており、学習を必要とせず、生得的に備わっている（ただし、学習によって全く変化しないという意味ではない）定型化された行動パターン（action patterns）を指している。一連のパターン化された動きは、特定の外界刺激（releasing stimuli）によって“解放”（release）されることで引き起こされるとされている。また、これらの行動は外的刺激だけでなく、ホルモン状態などの内的要因にも影響を受ける。1951年に刊行された『The Study of Instinct』において、ティンバーゲンは自身の代表的なイトヨの研究をはじめとした具体例を通じて、これらの現象について詳述しており、この本は、1940〜50年代の英語圏において主流であった実験心理学、特にパブロフらの影響を受けた行動主義（内的状態に依拠せず、観察可能な行動のみを実験室で科学的に扱う立場）に対して、一種のアンチテーゼを提示するものとなった（らしい）。(藤島)歌い返すのにneocortex (orofacial motor cortex)が必要ということを示した論文 Arkarup Banerjee lab2wkだまるのcitation歌う姿勢（YouTubeビデオ)David Schneiderのポスドク時代のcollorary dischargeに関する論文Neuroscience needs behavior: correcting a reductionist biasJohn KrakauerMarrの3つのレベル — computation, algorithm, implementationHubel and Wiesel68年〜などと言ってますが、正確には方位検出の初出が1959論文、 algorithm (+implementation予測)の提示が1962論文 (Fig19)。(補足)computationが線を検出すること、algorithmがいくつかの丸型の受容野を持った細胞が一つの細胞に入力することで線に対応する受容野を作りうるという模式図、そしてimplementationが丸型需要野を持つLGNの細胞がV1L4にconvergeすること。(萩)ImplementationのH&amp;W予測が凡そ正しいことを示せた2018年のScanziani論文Degeneracy: この文脈では同じcomputationを成り立たせるalgorithmが複数ありうること、もしくは同じalgorithmを成り立たせるimplementationが複数あること。Eve Marderはよく、あるneuronのoutputのパターンが同じでもそのneuronにinputする細胞群のパターンが異なりうる、という文脈でよくcircuit degeneracyと書いている。Neuroscience needs evolutionNeuroscience needs behaviorのオマージュ: evolution(先述)、psychology, Network science 全然違うNeuroscience needs behaviorCris Niell哺乳類とは全く独立して進化したタコの目の仕組みEve Marderが”toleranceと”mechanism”の粒度について語るポッドキャスト回 (Night Science)Johnson-Lindenstrauss Lemma: 高次元のデータを低次元に写しても、データポイント間のpair-wise distanceはほぼ保たれるという定理。(Chen and Pesaran, 2021 に軽くmentionあり)Krakauer兄弟同時出演ポッドキャスト回 (Brain Inspored)Current Biology: John and David KrakauerSchultz, Dayan, Montague - ドーパミン界の金字塔(ほぼreview)論文の裏話 (JNSのシュルツの自伝、pdf直リンク)Hodgikin-Huxley model論文結果としてNaとKチャネルのサブユニット数や機能を予測していたYael Niv氏の似た趣旨の論文Nathaniel DawNIHの論文をオープンにしないといけないという新しいポリシーAllen Instituteのbehavior &amp; ephysオープンデータセットKen Harris日本がメリケン脱出組に700MHHMI Hannah Gray FellowshipやめたAng Leeさん（映画監督）ハルクに変身した主人公が怒りに任せて研究所を破壊するシーンDeepMindのLLMが医者AIがリアルな医者の診断能力を超えたという論文: text chatという点は留意海馬の表彰はgoal directedなaction planであることを示した論文Tank研の論文Dick Tsienディスカッションとても楽しかったです。物事を理解するとはどういうことなのか、それこそジョンがどこかで「科学者は哲学し続けなければならない」と言っていたのを思い出しました。またオフラインでも議論できることを楽しみにしてます。 (藤島)などといっていたら中東+メリケン戦争みたいになってしまい大変残念。Weizmannではミサイルでラボが7-8個(物理的に)消し飛んだとのこと。やれやれ。壁か卵のどちらかでいうと常に卵の側でいたい、という気持ちはあるのだが、100%の壁も、100%の卵も、そんな完璧な物はどこにも存在しないのだろう。ピース。(萩)グラントの評価ではHypothesis drivenな研究が好まれるらしいのでNatural behaviorの研究を書くのはより挑戦的な印象。でも探索的な研究はもっと増えてほしいですね(脇)