#84 Synthetic developmental biology

予算カット、２年ルールWaiver、資産運用への影響、メールでのコミュニケーションなど。論文紹介は、実装が簡単な高速FLIMと、Sequeincing by expansion (4/9収録)Show Notes (番組HP):渦中のハーバード(pdf)コロンビアのNIHグラント停止Hiring Freeze Announcementデモに参加したらビザ停止Stand Up For ScienceTwitterで告知2年ルールのWaiver濱崎さん回401(k)iDeCoReddit: Fire Flow Chart Version 4.3Reddit: 401(k) max vs mortgage payment三権分立の憲法への反映はアメリカが先五十嵐さん回 1 2 3 4NSFはFellowshipを出す数が半分にRedditに降臨２ちゃんに柳沢先生ご本人登場マウスも毛むくじゃらにのプレプリント狼復活論文紹介論文１：Absolute measurement of fast and slow neuronal signals with fluorescence lifetime photometry at high temporal resolutionSabatini (弟) ラボ安田さん回Jablonski図Time DomainでのFLIM計測のわかりやすい図 (pdf, これの7ページ目)Frequency Domainとの比較に使った図 (pdf)注:PMTからのシグナルも位相をズラすと返答してしまっていますが間違いです。(萩)Fiber Photometry を流行らせたのはDラボロックインアンプFLIM用のcAMPセンサーWash UのYao ChenCholinergicセンサーFLIM転用Becker & HicklのFLIMInstant FLIM前にSabatiniラボのプレプリントを読んだ回David AndersonのState論文、たとえば 1 2 3脳の温度は結構変わるpHも睡眠とかで変わる未来予想回齋藤さん回 1 2 3論文２：Sequencing by Expansion (SBX) – a novel, high-throughput single-molecule sequencing technologyナノポアレビューDpo4CMOSによる並列化の例ONTのNanoporeONTを使ったリード精度benchmark研究階段状の建物元根さんProtein Sequencing日本語解説本社のプレスリリース動画Editorial Notes:The Apprentice の参加者になった気分です (脇)大学の自治を守るのは大変重要ですが、ファカルティは大学側の政府への抗議をどう受け取ってるんでしょう。しかし、9 billionだったり2.2 billionだったり、桁が大き過ぎてもうよくわからなくなってきました(萩)

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。後編。ハエの疾患モデルとしての限界、凍結保存ができない問題とそれが育んだコラボレーション文化、留学を選択肢と考えるための本の執筆、PhDを取った機関でポスドクを飛ばしてPIになることについて (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんNR回　前編非哺乳類モデル動物の臨床応用ハエの疾患モデル一覧パーキンソン病モデルハエの例(α-Synuclein)ハエの脳にはドーパミン作動性ニューロンが数百個しかない (Table 1にHemisphereあたり~282個と書いてあるので成虫の脳で550個くらいみたいです。by山)アルツハイマー病モデルハエの例(Aβ42)自閉症モデルハエに関するReview 1 2 3ハエの求愛行動ハエの攻撃行動ハエのパーソナルスペースハエのグルーミングJulie Simpsonハエの嗅覚と痛覚を介した記憶のT-mazeアッセイハエで精神疾患モデルは作れるか？ 1 2ハエのがんモデルでcachexiaが起こるハエのBMP(Bone Morphogenetic Protein)シグナリングハエのノルアドレナリン受容体はタイラミンやオクトパミンに反応する手間がかかるので誰もやってないハエの凍結保存プロトコル 1 2 3ハエ系統の自由なやりとりの伝統と現状Indiana大学のBloomington Drosophila Stock Center京都工繊大のストックセンター遺伝研のストックセンターウィーンのストックセンターDrosophila Information ServiceFlyBaseJaneliaのSplit GAL4リソース　データベースハエゲノムプロジェクト(2000年にドラフトが完成、線虫は1998年でした。by 山)羊土社から出した『研究留学実践ガイド』連載、研究留学の技法２０２３実験医学：羊土社から刊行されている雑誌。現行。細胞工学: 学研メディカルから刊行されていた雑誌。廃刊。蛋白質・核酸・酵素: 共立出版から刊行されていた雑誌。廃刊。たまたま取れたNotchの特殊なmutationに着目したScience論文　日本語での要約NotchはDeltaとJagged(ハエではSerrate)というリガンドを見分けている(訂正：FringeはNotchのDeltaとの結合を強め、Jagged/Serrateとの結合を弱めます。by山)News & Hot Paper Digestではなく、カレント・トピックスでした(by 山)The Notch MeetingGordon Research Conference(GRC)とGordon Research Seminar(GRS)NotchのGRSGRSの座長をした際の体験談(Campus & Conference探訪記)実験医学のNotchシグナル特集どうする？コロナ禍での海外研究留学 1 2 3 4 5 日本における雇い止め問題に関するNatureとScienceの記事ベイラー医科大学って知っていますか？ヒューストンのNASAはロケットを打ち上げてない『研究留学実践ガイド』のテーマ：はじめに(pdf)留学特集の座談会記事 1 2中田大介先生安田先生NR回五十嵐先生NR回 1 2 3 4留学前後・ラボでの立ち居振る舞い：立ち読みサンプル 1 2失敗したけど、こうして切り抜けましたエピソード：特にコラム4-5から4-8ラボレポート、留学編・独立編留学をしないという「選択肢」：コラム4-10藤島さんNR回　コラム3-3(立ち読みサンプル) DEI政策の激変テキサスはDEI停止を先取りハーバードにおけるAffirmative Action訴訟Texas Children’s HospitalDuncan NRI(faculty list)Huda Zoghbi(HHMI)Rett SyndromeSCA1(Ataxin)Atoh1(Math1)DP5(Early Independence Award)独立して最初のR01が取れたPIの平均年齢は43歳(2010年 NIH調べ)Hugo Bellen(元HHMI)博士の時にやったスクリーニングからプロジェクトがたくさん生まれた 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 etc  ハーバード、UCSF、Janeliaのフェロー制度ドーパミンの産生・放出・代謝

Baylor College of Medicineの山本慎也さんがゲスト。前編。ツールとしてハエを使うNeuroscientistと脳を見ているハエGeneticistの違い、ハエForward geneticsからヒト希少疾患研究に繋がった経緯、Living test tubeとしてのハエの魅力、Reverse geneticsによるヒト化ハエのRare disease・Common disease・感染症研究への応用について (3/28収録)Show Notes (番組HP):山本さんラボHP(更新が滞りがち) LinkedInベイラー医科大学動物育種繁殖学教室今川和彦先生着床現象は種特異的臍帯形成などに異常があるVps26a(Hβ58)の変異マウス 1 2Hugo BellenJan and Dan Duncan Neurological Research InstituteHugoによるレビューScott Emr武田洋幸先生多羽田哲也先生後藤聡先生Retromer ComplexとWnt signalingに関する論文(４本じゃなくて５本でした：Dev Cell x3 + NCB x2) 1 2 3 4 5Gerry RubinAllan SpradlingThomas CechSeymour Benzer追悼記事 1 2Thomas Hunt Morganハエ研究の黎明期メンデルによる遺伝子の提唱と再発見津田梅子先生がMorganのところでやった仕事メンデルの法則Hermann Muller放射線による遺伝子の破壊・改変を発見Marie Curieの死因発生生物学者と遺伝学者は仲が悪かった最初のNotchミュータントの欠けている翅HomozygousだとNeurogenic phenotypeAntennapediaとUltrabithoraxハエの記憶に関する最初の報告この系をつかった最初のL&amp;Mの変異体、dunceの論文(cAMPの分解酵素)サーカディアンリズムのperiod変異体の論文ShibireはDynaminに関する変異体Kir2.1NaChBac遺伝学的手法を用いてハエの神経活動を操作する(リンク先Table2)GSAによるショウジョウバエの学会CSHLのNeurobiology of DrosophilaJaneliaのconferenceNRでショウジョウバエを扱った回Forward genetics(順遺伝学)とReverse genetics(逆遺伝学)Chemical mutagenesisではEMSやENUがよく用いられるarmadillo (arm)＝ハエのβ-Catenin Christiane Nüsslein-VolhardEric WieschausThe Heidelberg screen回顧録MARCM利根川先生のCaMKII-Creを用いたconditional KO (訂正：CaMKIIをcKOしたんじゃなくて、CaMKII-Creを用いて別の遺伝子をcKOしてましたね。 by 山)Flp/FRTとEMSを組み合わせることによるモザイク・スクリーニングの初出論文　レビューハエのElectroretinogram(ERG) 1 2ｍusashiとハエの感覚毛の４細胞感覚ユニット岡野先生らによるmusashi発見博士の時にやったスクリーニング結果をヒト希少疾患と結びつけたCell論文ApoE2とE4: 逆でした (by 山)ヒトゲノム計画におけるBaylorの貢献HapMap project1000 Genomes projectCenter for Mendelian GenomicsRichard GibbsJames LupskiSynteny(シンテニー)Complementation test(相補性検定)LiqinのMARCM EMS Screenの例Hippo signaling pathway レビューこのPathwayのコアのhippoという遺伝子は４つのラボで同時期にFLP/FRTスクリーニングなどを通じてみつかりました（Cell２本、NCB２本）  1 2 3 4ハエのin vivo RNAiのライブラリ 1 2 3RNAiとEMSで見えてくる遺伝子が違う：Cell論文のFig. 2CRISPRも含めて、Mammalの例 1 2Rett Syndromeの原因遺伝子はMECP2Huda Zoghbiハエ遺伝子のヒト化T2A-GAL4Kozak-GAL4Mutationの機能的分類(Muller&#39;s morphs)Undiagnosed Diseases Network(UDN)NIH CommonfundBRAIN initiativeUDN Model Organisms Screening Center<a href="https://plaza.umin.ac.jp/irud/" target="_blank"

新年の抱負、第二回おたよりコーナー、2025年に起こる神経科学まわりの出来事予測 Top 5 (1/5収録) Show Notes (番組HP): 抱負 イーロン・マスクはH-1Bに賛成 米国PhD持ちにはGC? バイデンがやってること J1 の2 years rule waiver おたより おたよりフォーム 前回のおたより回 佐野さんの回 小川誠二先生 ベル研究所 あの論文 1 2 松井さん 柳下さん Neuroでの北沢萩原シンポジウム 吉良さん Huberman Lab Podcast Night Science Podcast George回 Yanai アメリカでラボを持つことになったYukiさん 千歳さん回 Addgene Penn vector core の transfer UNCのvector core Kimberly Ritola Adam Hantman MouseLight Jayaram Chandrashekar Armamentarium Iodixanolだと空ベクターが多くセシウム遠心だと少ない Rafael Yuste Sydney Brenner の有名な言葉: "Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order" の出典に関するシドニーブレナーのぼやき 齋藤さん回 1 2 3 齋藤さんラボHP 2025年に起こる神経科学周りの出来事予測 5選 えめさん回 Three photon imaging ventralでもなかった In vivo透明化 パプリカパウダー ボイデンラボから 今井ラボから 根本ラボから JaneliaでCultureをやっているAbraham Beyene mStayGold 1 2 3 Comparison StayGoldは照射方式によってパフォーマンスが落ちることがある 場所細胞のhyperbolic geometry Torus論文 まささん microRNAのTarget Sequence Allenとかで顕著なenhancer AAV CellReadr, RADAR, RADARS ITRのプロモーター活性 ミニマルプロモーターの話をした回 CRACM 千歳さんの新しい現象キャラクタライズ 1 2 3 4 バインダー設計、例えば 1 2 3 4 AI Scientist Waymo Craniotomy robot 牧野さん回 ポッドキャストも置き換えられるかも みなさんの予測のおたよりをお待ちしております (脇) アグる(aggregateする)は使うけどバリコる(varicosityつくる?)は初めて聞いた(萩)

University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録) Show Notes (番組HP): 浜崎ラボHP 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ 日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大) 日本にいたときの卵子形成転写因子論文 かぐや論文 Parthenogenesisのレビュー 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文 最初にあったマウスGastruloid論文 Matrigel おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー JayのGestalt イベントのレコーディング シュペーマンのオーガナイザー (pdf) Turner Syndrome Wntアゴニストのカイロン 下流のBrachyury (T)という転写因子 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文 bioRxivに最初に出た論文 とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ ４ の出版論文としての結果 1 2 3 4 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7 10x sci-RNA-seq3 Smart-seq3 Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ） マーカージーンをGPTに入れると予測してくる Mappingする方法  UMAPのco-embedding Foundation modelを作っていく例 今村さん とやっていたgene regulation Zygotic genome activation 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf） 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない ダーウィン vs ルイセンコ iPSで精子作成している例 減数分裂？に関するプレプリント パキテンで止まっている 山中論文は24から4へ 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。&lt;- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2  卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2  不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合 Polony Sequencing 最近宇宙とか言ってる I-5: 東海岸を縦に貫く道路 At the Helm: Leading Your Laboratory Westlake University 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった 培養ニューロンにゲームさせてる論文 Retinaからのprojectionを再現 ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文 海馬とTransformerの関連を議論した論文 目の実装、イカとの違い 流行ウイルス予測の研究 エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2  臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬) Anhedoniaの論文 加齢と記憶力、最近出た Bipolarのモデルマウスを作るような研究 小頭症オルガノイド Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま 4因子発現による若返りベンチャー 1 2  Seattle Hub for Synthetic Biology Cole Trapnell lab 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎) “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩) ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)

ハーフマラソン参加を通じたコンディショニングの変化、Bluesky移行など。論文紹介は、valenceに応じた伝達物質放出の変化、生きた細胞からのトランスクリプトミクス、空腹による恐怖表象の変化 (12/15収録) Show Notes (番組HP): UW medのハーフマラソン 村上春樹のエッセイ 腸脛靭帯炎 ボストンマラソンのエントリー基準 Garminのスマートウォッチたち (割と山に特化したfenix 7を使ってます 萩) 萩原(暫定)おすすめデカフ1: Sightglass Coffee 萩原(暫定)おすすめデカフ2:Linea Coffee 宮脇おすすめKarma Coffee V60 手で押すタイプのエスプレッソマシン アーロンチェア Sayl Logitechの575 Mx Ergo S Logitech Lift エレコムのベアリングトラックボールマウス　日本では謎に高い NIH Armamentarium NatureでもBluesky移行の記事が出ていた Nikolas KaralisによるBluesky移行ガイド NeuroRadioのBlueskyアカウント American Football Cap'n Jazz このへんのバンドはより正確には”midwest emo”らしいです  Hiatus Kaiyote - Red Room Robert Glasperの生歌が下手すぎるRed Room Robert Glasper Experiment の Smells Like Teen Spirit Robert Glasper Trio - LIVE at The Village Vanguard Darkside Tyler, the Creator Kendrick LamarとSZA トム・ヨークのツアー 観光客に成り下がっている写真 The Smile 論文紹介パート 論文１：Encoding opposing valences through frequency-dependent transmitter switching in single peptidergic neurons Sung Han (気づいたらAssociate Profになってました) Richard Palmiter ポスドクにおける仕事 先に出たリソース論文の仕事 五十嵐さんが最初に出たとき Synapto pHluorine GabaとDopamineが一緒に放出されるケース Central Amygdalaはめちゃくちゃヘテロ Plateau Potential NNに出てた呼吸の論文 論文２：Live-cell transcriptomics with engineered virus-like particles Paul Blainey ピペットでちょっと吸うタイプのlive cell transcriptomics Exosomeを使ったケースについてのレビュー Gil Westmeyerラボから同じ時期に出た類似プレプリント CellNet CROP-seq Evan Macosko Synapse-seq Synaptosomeを分けてシーケンスするのではなくBarseqみたいな感じですね汗 最近出ていたTissueからの経時的intactサンプリング Jerzy Szablowski 論文３：Hunger modulates exploration through suppression of dopamine signaling in the tail of striatum Sabatiniラボ ケータイのラボからのプレプリント GRAB 今回使っているdLight3.8はRoshgadol et al., in preparationとのこと Robert Datta MoSeq Tail of Striatumのaversive stimulus coding Dattaがclosed loopでrewardingなdopamineを叩く この前のSaunders ポスドクのときにいたJanakラボ 似たタスクを作ったのは院生の頃っぽい RealTimeLinux Editorial Notes: ハーフ2時間は切れましたがベンチ100kg上がらなくなりました (萩原) このあと背中攣りました。そしてSteelcaseのThinkを拾いました (脇)

鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録) Show Notes (番組HP): 菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター：田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 長谷川眞理子先生 長谷川寿一先生 山内 兄人先生 性分化の研究 石浦 章一先生 による一般向けの本いろいろ 菊水先生 星野先生 岡ノ谷先生 苅郷さんの NR回 丸山工作先生 遺伝研の小出先生 高橋阿貴さん 武田先生 博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文 大隅先生 個性創発脳の新学術 揚妻先生 富山大の松本先生 産総研の橘さん と一緒に書いたUSVSEG論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん 苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う １ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント 学生向けのスクラップボックス 石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声 動物心理学会 タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf) 編集長である後藤さん 九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭 山口のYCAM ゲンロンのシラス かごしま環境未来館 くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー 担当している講義の一覧 スタンフォード監獄実験 ミルグラムの罰を与える実験 注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野） マンハッタンで暴動 文系のための生命科学 岡ノ谷先生の書籍 渡辺茂先生 脳神経科学イラストレイテッド 脳科学辞典 ベストティーチャー賞 近藤滋先生が自邸で行った研究 高木正勝 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント 坂井克之先生 高木正勝と坂井先生のトークイベント 東北大の長神さん 情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ <a href="https://ascii.jp/elem/000/000/216/216233/" target="_blank"

研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録) Show Notes (番組HP): NotebookLM 元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLM のBioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事 に対するPeter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん 千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイートの一例 五十嵐さんリターン回 毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回 スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論 最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう 論文パート 論文１：Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ 種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文 この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文 この先報：Teneurinのやつ 宮道さんの昔の仕事 論文２：The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay ReidのところでV1のEMリコンストラクションをやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定 構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon にボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布 線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2 Editorial Notes: NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇) K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)

古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録) Show Notes (番組HP): 古館さん 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana WittenのCognitive Demand論文 茨城県の県立医療大学 パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚 千歳さん のNR回 河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男 五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文 のレビュワーコメント(pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事 尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば：1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田さん 天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの魚とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた 伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事 について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生 のTRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん 小宮山ラボ 服部さん（現Scripps） のNN2023 大木研 村上さん 医学部の機能生物学セミナー ドイツの戸田さん 伊丹十三 のエッセイ：この２つのどちらか １ ２ 黒田さん と中野さんのNR回 大木研のLP 林-高木先生 ダルメシアンの図 Editorial Notes: ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇)

Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録) Show Notes (番組HP): 齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研　和光キャンパス　開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2 論文パート Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg のHERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビSpizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g） 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例 登さん Deliveryの話、例えばコレ 昔のラボメンはK99取ってた マイキーのPEG10 ジョブハントパート 小関先生 医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤）  東大の真下先生 Cas3の論文 五神真先生 大阪大学の蛋白質研究所 定量研と卓越研究員制度 今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ 独立後の計画 Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回 有識者会議 科研費倍増への運動 後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達 本田圭佑 HFSPミーティング 長田重一先生 アポトーシスの写真 二階堂先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 加藤英明先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 奥山先生　ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文 吉田稔先生 古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん 寺坂さん 松田真弥さん 松本さん 古館さんのNature論文 長井淳さん　飲みましょう！！！（by齋藤） 齋藤さんMITのアドレス Editorial Notes: 夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤） 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇)