21. Cooking pan-genomes

Summary 生物時計に関わる分子の核内局在に関する論文を紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Xiao et al., 2021, Clock proteins regulate spatiotemporal organization of clock genes to control circadian rhythms. PNAS: 今回紹介した論文。 Bhat et at., 2021, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.: Phase separationによるnuclear compartmentalisationに関する総説 Buchwalter et al., 2019, Nat. Rev. Genet.: Nuclear peripheryに関する総説 Chromosome territories Rabl orientation: 1885 年にCarl Rablが著書 “Über Zelltheilung” (直訳: 細胞分裂について) において初めて報告した染色体の核内配向性で、全ての染色体のセントロメア領域が核膜近傍の一箇所で束ねられる一方で、テロメア領域が対極に位置する。Rabl orientation の歴史的な背景はScherthan, 2001, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.の総説論文が詳しい。 Drosophila の染色体の配向性: 多種多様な真核生物のゲノム構造を調べた論文 Hoencamp et al. (2021) を見ると、どうやら Drosophila の染色体は核内で chromosome territory ではなく Rabl orientation をとるようだ。 HP1 droplet Double actogram Menet et al., 2010, Genes Dev.: DrosophilaのPER, CLKの量とinteraction, DNAとの結合を見た論文で、エビがGFPの安定性の話をしたときと最後にDNAがどうやって移動しているのかの話題のときにイシが言及していたもの。 Zeitgeber (同調因子) entrainment: 日本語では「同調」というらしい。生物時計の位相が環境サイクルに合わせることをいう。 PERのdegradation: PERがTIMにくっつかれていないときはPERによるCLKの抑制が強いがPERがDBTにリン酸化されてdegradeする、ということらしい(Price et al. (1998), Kloss et al. (2001)). “セミコロンがややこしい”: FlyBase nomenclature guidlinesに則っているだけのらしい(Allele symbols of genes on nonhomologous chromosomes are separated by semicolons and spaces (e.g., bw1; es; ey1).) 特定の微小管上に微小管結合タンパク質の condensate が形成される論文: Sandro et al. (2023). 同じ号に、異なる生物種で同様の現象を報告した論文が 2報掲載された。 Editorial notes 時間生物学と相分離生物学は同音異義語が複数あって大変 (“ピリオド”がper遺伝子、PERタンパク、周期を指し、“フェーズ”がcircadian rhythmの位相とLLPSの相を意味するので)(イシ) Zeit というドイツ語はネットフリックスのドラマ「ダーク」で覚えました (エビ) 収録日: 2023.07.15 編集: イシ

Summary 原核生物の汎ゲノムを解析してコア遺伝子群とアクセサリ遺伝子群の組換え頻度を解析した論文を頑張って紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Steinberg et al. (2022) eLife: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。 Kussell Lab Non-allelic homologous recombination 16SリボソームRNA Maiden et al. (2018) PNAS: Multilocus sequence typing のオリジナル論文 Pan-genome: なぜか日本語のページが存在しない… 昨年の 4 月には Human Pangenome Reference Consortium から ヒト汎ゲノムプロジェクトについての Perspective paper が公開されていました。 14:55 あたりの Pan-genome を説明する図: McInerney et al. (2017) Nature Microbiology の Figure 1 を参照しました。誰でもアクセスできる図だと PacBio 社のウェブサイト がわかりやすく、この場合 “Core” 以外の領域に含まれる遺伝子が Accessory genome に該当する。 17:40 あたりの Accessory chromosome: Episode 17 で Wasp の B 染色体に言及しました。 Ilya Mechnikov (イリヤ・メチニコフ): 当時ロシア帝国の領内であったハリコフ出身の微生物学者・動物学者。 23:50 あたりの germline-restricted chromosome: たとえば Torgasheva et al. (2019) PNAS Lin and Kussell (2019) Nature Methods: 今回紹介した論文で使われた mcorr という手法の原著論文。 Streptococcus pneumonia (肺炎球菌) Coalescent theory Fig 1B,　縦軸が揃ってないことに気づきました、見た目で比較するのが難しい… 効果量, Cohen’s d, 検出力, 検出限界: 三重大の奥村先生の記事。Cohen の d について解説されている。 Hill-Robertson interference Hitchhiking effect αサテライト配列 Reddit: Pasta on pizza, who asked for this?! Editorial notes Fashion changes, but style endures. - ココ・シャネル (イシ) スイスに来て、米食からパン食やスパゲッティ食に切り替わりました (エビ) 収録日: 2022.09.17 編集: エビ

Summary 面白くないジャーナルクラブ、ナレッジベース、習慣、読書などについて徒然なるままに雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes Itai Yanai Night science Zotero: 文献の管理で使われる Logseq: エビのイチオシ Roam research モーニングページ 7つの習慣 Audible: 収録から半年、まだ続いてます。 ホモ・デウス 森博嗣 すべてがFになる(アニメ) Crunchyroll JBL GO2 喜嶋先生の静かな世界 Kindle Unlimited 20世紀少年 MONSTER (アニメ) BECK HUNTER x HUNTER 嘘喰い チェンソーマン ブルーピリオド 動物のお医者さん 映像研には手を出すな Editorial notes 飛行機で行方不明になった荷物が届くのにかかった期間(4か月) < このエピソードの編集を始めるのにかかった期間 (5か月)(イシ) 丁寧にイシにスピーカー情報を聞いた上で、全く異なる Ultimate Ears の Boom 3 という Bluetooth スピーカーを買いました (エビ) 収録日: 2022.12.10 編集: イシ

Summary イノベーションが「隠れた変異」によって起きるしくみについて論文紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Life finds a way: 映画ジュラシックパークの1シーン Hayden et al., 2011. Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme. Nature: 1本目の論文 Zheng et al., 2019. Cryptic genetic variation accelerates evolution by opening access to diverse adaptive peaks. Nature: 2本目の論文 Andreas Wagner Wagner lab Arrival of the fittest Andreas Wagnerのトーク Cryptic genetic variation: e.g. Pabby & Rockman 2014 Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 同義置換 5:00 あたり: ゼロから新しい酵素を獲得することは実際とてつもなく難しく、その代わりに腸内細菌を新たに獲得することで酵素を得ることの方が多い (例、シロアリとセルロースを分解できるバクテリア) Waddington 1950 Evolution: ショウジョウバエのcrossveinless変異のgenetic assimilation リボザイム キナーゼの ATP 結合ポケットに変異を導入して ATP アナログを結合させる話は Bishop et al. 2000 Nature や Ubersax et al., 2003 Nature をどうぞ Arabidopsisのあの話: 14. All men are created at randomをどうぞ GFPからいろいろ作った: この仕事でRoger Tsienが2008年にノーベル化学賞を受賞 “The wikigame” FACS Editorial notes チェンソーマン良い(イシ) 刃渡り2億センチをフルで早く聴きたい(エビ） 収録日: 2022.09.17 編集: イシ

Summary HUSH 複合体がレトロエレメントをサイレンシングするメカニズムを調べた論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Seczynska et al. (2021) Nature: 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Paul Lehner lab 5:05 あたりのウイルス由来のねじれた環状 DNA: cccDNA のこと。 自然免疫系 Vessoni et al. (2013) Cell Death & Differentiation: オートファジーがゲノムの品質維持に関わることを説明した総説論文。 cGAS-STING 経路: 興味深いことに、STING タンパク質は進化の過程でバクテリアから獲得されたことが報告されている (Morehouse et al. 2020) 11:20 あたりのクロマチンのサイレンシング: Allshire and Madhani (2018) を見ながら話をしました。 レトロエレメント: レトロウイルスがゲノムに取り込まれた DNA 配列 HUSH 複合体: 2015 年に Paul Lehner のグループによって報告された (Tchasovnikarova et al. 2015) ヒトのイントロンとエキソンの境界: 共通する配列の特徴としてイントロンの 5’ 末端に GT、3’ 末端に AG が知られているが、イントロンとエキソンの境界を 100% 予測できるわけではないらしい (Mishra et al. 2021) RNA Immunoprecipitation de novo 遺伝子: 「セントラルドグマの新常識」(羊土社) に収録されている日本語の総説がとても勉強になった エキソン・シャッフリング イントロンの起源について: Nick Lane の “The Vital Question. Why is life the way it is?” を参考にしました。邦訳はみすず書房から出版されている 生命。エネルギー、起源。 Eugene Koonin Babenko et al. (2004) Nuclei Acids Res.: 進化的に古いパラログと新しいパラログとの間でイントロンの保存性を比較した論文 Editorial notes 自己/非自己を区別する現象に強い興味があります (エビ) 最近ボイラーが壊れて暖房とシャワーが1週間使えなくなりました(イシ) 収録日: 2022.07.30 編集: エビ

Summary ワークショップに参加した話や今年のノーベル医学・生理学賞を受賞した Pääbo 博士の著書の話をしました。 Starring エビ、イシ Show notes スイスのコロナ情報: 2022 年の 4/1 以降スイス政府はコロナに関する制限を全廃した。 The yin and yang of chromosomal and extrachromosomal DNA: エビが参加したワークショップ。ロカルノ国際映画祭で有名なスイスのアスコナ州で 6/17-20 の期間で開催された。 東邦大学の B 染色体を解説する記事: 閲覧注意！リンク先に虫の画像が出ます。 Aldrich et al. (2017) Sci Rep: Wasp (狩蜂) の B 染色体について発表した Patrich M. Ferree のグループの論文。オープンアクセス。 Speciation - Gordon Research Conference ネアンデルタール人は私たちと交配した: 度々この podcast で話題に上がる本。 Svante Pääbo: 2022 年のノーベル医学・生理学賞を受賞した。 Mora-Bermúdez et al. (2022) Sci Adv: ネアンデルタール本の著者である Pääbo 博士のグループによる最新の論文。 ABBA-BABA テスト Editorial notes (私が編集をさぼっていたので) 先に出た Episode 16 と順番が前後し、Pääbo 博士がノーベル賞を受賞されていました (エビ) 学会帰りに航空便で荷物が行方不明になることなど収録時には知る由もなかった… (イシ) 収録日: 2022.07.30 編集: エビ

Summary 雑談をしました。 Starring イシ、エビ Show notes ESEB Bedford & Hoekstra, 2015, eLife: Deer miceを紹介している論文。Fig 1の系統樹に注目 『メンター・チェーン ─ノーベル賞科学者の師弟の絆』 “Apprentice to Genius: The Making of a Scientific Dynasty” Neurotree The Academic Family Tree: 色々なアカデミック家系図がある。それぞれの家系図が接続している Dobzhanskyの有名な格言: Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution Editorial notes 〇〇treeはぜひ試してほしい(イシ) 何でも面白がれる才能を身につけよう(エビ） 収録日: 2022.09.17 編集: イシ

Summary マウス初期胚の 8-16 細胞期に特異的な紡錘体構造を発見した論文と「データ視覚化の人類史」という本を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Wordle バクマン。 DEATH NOTE ゼルダの伝説ブレスオブザワイルド Pomp et al. (2022): 今回紹介した論文。残念ながらオープンアクセスではない。 紡錘体: エピソード7 Self-organising spathetti monster を参照。 Plachta Lab Plachta et al. (2011): マウス初期胚においてゲノム DNA に対する転写因子 Oct4 のアクセシビリティを測定し、細胞系譜を予測する論文。。今回紹介した論文のラストオーサーがポスドクの時の仕事。 Photo-activated GFP: 光変換型の GFP。Patterson and Lippincott-Schwartz (2002) を参照。。同じような蛍光タンパク質に Kaede、Dendra2 や EosFP などがある。Addgene の blog に詳しくまとめられている。 Zenker et al. (2017): 微小管論文 Zenker et al. (2018): アクチン論文 Lim et al. (2020): ケラチン論文 内部細胞塊 PLK1: Serine/threonine-protein kinase 1 CDK5RAP2: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 EB3: End binding protein 3 アセチル化微小管: 正確にはアセチル化されたチューブリンを含む微小管。微小管のダイナミクスを制御する方法の一つとして、チューブリンの翻訳後修飾がある。アセチル化はその一つで、微小管ダイナミクスの安定化に寄与する。abcam の記事 を参照。 Microtubule organising centre (MTOC): 微小管形成中心 1:04:30 あたり: siRNA 実験における「スクランブル」について少し誤った説明をしました。正しくは、標的遺伝子に特異的な siRNA 配列を基に、各ヌクレオチドの比率を変えずに配列だけをランダムに変更して、ゲノム上に存在しない配列にする操作です。 カタニン: 「微小管不安定化因子」の項目を参照。 1:30:00 あたり: 筆者らの先行研究 Plachta et al. (2011) と同じ Logic が採用される。 前回のランダムな話: エピソード14 All men are created at random を参照。 データ視覚化の人類史 ナイチンゲールと統計 1:56:30 あたりの忌み嫌われる棒グラフの話: Weissgerber et al. (2015) を参照。 Circular Manhattan plot: イシが嫌いなプロット方法。 イシが紹介する論文: 同日にイシによって紹介された論文。近日公開予定。 Editorial notes 明瞭な図はいつも美しいが、美しい図がいつも明瞭とは限らない (エビ） マンガを買っても読めない問題 (イシ) 収録日: 2022.02.26 編集: エビ

Summary 「突然変異はランダムではない」から始まるツイートで話題になった論文について話し、ランダムな秋田談義をしました Starring イシ、エビ Show notes Monroe et al., 2022, Nature: 今回紹介した論文 “Mutations are NOT random” ツイート Futuyma. Evolutionary Biology 2nd edn (Sinauer 1986) Futuyma. Evolution 3rd edn. (Sinauer 2013): “Mutation is random in  two senses. First, although we may be able to predict the probability  that a certain mutation will occur, we cannot predict which of a large  number of gene copies will undergo the mutation. The spontaneous process  of mutation is stochastic rather than deterministic. Second, mutation  is random in the sense that the chance that a particular mutation will  occur is not influenced by whether or not the organism is in an  environment in which that mutation would be advantageous” (pp208-209) Luria & Delbrück’s fluctuation test Esther Lederberg:  恥ずかしながら女性だと知りませんでした… “As a woman in a male-dominated field and the wife  of Nobel laureate Joshua Lederberg, Esther Lederberg struggled for  professional recognition. Despite her foundational discoveries in the  field of microbiology, she was never offered a tenured position at a  university. Textbooks often ignore her work and attribute her  accomplishments to her husband.” 日本語wikipediaのページもない！ Replica plating 前回のサイの論文: ep.10 Detlef Weigel weigelworld 1001 Genomes Project: シロイヌナズナ 1000 Genomes Project: ヒト シロイヌナズナ Mutation spectrum: ep.4で話しました Tajima’s D Mutation load スレッドその１の１ スレッドその１の２ スレッドその１の３ スレッドその２の１ スレッドその２の２ スレッドその２の３ スレッドその３ きりたんぽ: 舞茸を思い浮かべながらしめじと言ってました… せんべい汁 ババヘラアイス もろこし さなづら: 収録日の翌日にエビが食べました、とても上品な味でした。 Editorial notes あとから話しそびれたことをいろいろ思い出しました…（イシ） 「植物界のフグ」 (エビ) 収録日: 2022.01.29 編集: イシ

Summary 年越し雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes 全長版show notesはこちら ソバ Fagopyrum esculentumi アジアイネ Oryza sativa インディカ: いわゆるタイ米はインディカ米全般らしい バスマティ ビリヤニ: バスマティを使った代表料理 ジャスミン ジャポニカ ミルヒライス リゾット eLifeの“publish, then review” モデル Gboard 日本語入力〇〇バージョン 湯呑みバージョン 物理フリックバージョン 物理手書きバージョン モールスバージョン: URLに注目。 ピロピロバージョン: URLに注目。 スプーン曲げバージョン: URLに注目。 遊舎工房 散財TV なおしま HHKB Raspberry Pi こんな感じのインキュベーターを使ってます アルデュイーノ バーのベル 短い論文について 生命、エネルギー、進化. ニック・レーン: 原著は The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life Springer アウトリーチ 音楽嗜好症: 脳神経科医と音楽に憑かれた人々　オリヴァー・サックス サヴァン HM エピソード記憶 手続き記憶 デルトラクエスト ゆる言語学ラジオ 衒学チャンネル クラミドモナスの話: ep 3. 凝集日和 「生命多元性原理」入門: 東大の太田先生の著書 学校を休むの英語 Editorial notes 2022年もなんとか生きていきます(イシ) 収録前に既にたらふくアルコールを摂取して仕上がっておりました、今年もよろしくお願い致します(エビ) 収録日: 2021.12.31-2022.01.01 (JST) 編集: イシ