千菌万码 Microbial Matters

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。尿液为什么是黄色的？血红素是怎么一步步被代谢，最终变成尿胆素并排出体外的？胆红素如果不能有效清除，会对身体造成什么样的影响？肠道微生物在血红素代谢中扮演了怎样不可替代的角色？什么是BilR酶，它是如何被发现并确认具有胆红素还原功能的？BilR在不同细菌和人群中分布如何？是否和疾病有关？新生儿为什么更容易发生黄疸？炎症性肠病患者是否存在胆红素代谢功能缺陷？为什么说这项研究填补了一个“百年未解”的科学空白？今天介绍的文章是：BilR is a gut microbial enzyme that reduces bilirubin to urobilinogen （BilR是一个将胆红素还原为尿胆原的肠道微生物酶）。在2024年1月发表于Nature Microbiology 《自然·微生物学》。第一作者： Brantley Hall通讯作者：Brantley Hall；江晓芳通讯单位：马里兰大学；美国国立卫生研究院NIH原文链接：https://www.nature.com/articles/s41564-023-01549-x感谢您的收听！您还可以在小宇宙、QQ音乐、苹果播客、Spotify、Apple Podcasts、Youtube等平台找到我。您可以在小宇宙和Spotify评论，以及微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote单集简介末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！支持这个播客：https://podcasters.spotify.com/pod/show/szhangjerry/supportSupport this podcast: https://podcasters.spotify.com/pod/show/szhangjerry/support

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 痛风的根源是什么？为什么近年来中国高尿酸血症的患病率如此迅速攀升，已经成为继“三高”之后的“第四高”？人类为何在进化中失去了尿酸酶基因，导致我们成为“天生痛风圣体”？现有的降尿酸药物有哪些副作用，为什么需要探索新的降尿酸途径？肠道菌群如何在尿酸代谢中发挥了重要作用，能够帮助我们有效降低尿酸水平？斯坦福大学的最新研究如何揭示肠道细菌降解尿酸的潜在机制？中山大学的研究如何发现肠道细菌可以通过刺激宿主促进尿酸排泄？高尿酸血症和痛风患者如何通过饮食管理、体重管理和生活方式调整来有效控制症状？ 今天介绍的文章1：一个广泛分布的基因簇弥补了灵长类动物中尿酸酶缺失的影响（A widely distributed gene cluster compensates for uricase loss in hominids）。在2023年8月发表于《细胞》Cell。 第一作者： Yuanyuan Liu 通讯作者：Dylan Dodd 通讯单位：斯坦福大学医学院 原文链接：⁠https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00687-6⁠ 今天介绍的文章2：由模糊另枝菌产生的马尿酸促进肠道尿酸排泄，从而缓解高尿酸血症（Alistipes indistinctus-derived hippuric acid promotes intestinal urate excretion to alleviate hyperuricemia）。在2024年2月发表于《细胞·宿主与微生物》Cell Host & Microbe。 第一作者： 许潆兮、刘鲁笛、朱江源 通讯作者：柳雁 通讯单位：中山大学公共卫生学院广东省营养膳食与健康重点实验室 原文链接：https://www.cell.com/cell-host-microbe/abstract/S1931-3128(24)00036-2 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙、QQ音乐、苹果播客、Spotify、Apple Podcasts、Google Podcasts等平台找到我。您可以在小宇宙APP和微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote单集简介末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. Hi, I’m Jerry Zhang, a chemical biologist studying human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health. Sarrazin-Gendron, R. et al. Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game. Nat. Biotechnol. 1–9 (2024) doi:10.1038/s41587-024-02175-6. Have you played Borderlands 3? Did you know that the in-game arcade mini-game, Borderlands Science, holds a hidden scientific treasure? Why is a podcast about gut microbiota talking about Borderlands 3? How are scientists using the mini-game Borderlands Science to tackle research challenges in gut microbiota? Why is sequence alignment so tough for AI but manageable for gamers? What are citizen science games? Which fields benefit from these games? How do video games and science come together? What is MMOS, and what are its goals and achievements? Tune in to find out the surprising connection between gaming and gut microbiota research, and explore the fascinating world of citizen science games with us! What Borderlands Science looks like: https://raw.githubusercontent.com/ZJerryZ/Microbial_Matters_SP16/main/BLS.png How to align two nucleotide sequences: https://raw.githubusercontent.com/ZJerryZ/Microbial_Matters_SP16/main/alignment-EN.png Link to the original article: https://www.nature.com/articles/s41587-024-02175-6 Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game （通过大众市场电子游戏中的公众科学改进微生物种系发生学）。在2024年4月发表于《自然·生物技术》。 第一作者： Roman Sarrazin-Gendron 通讯作者：Jérôme Waldispühl 通讯单位：McGill University 麦吉尔大学 你玩过《无主之地3》这款游戏吗？游戏中的内置街机小游戏“无主之地·科学”竟然另有乾坤？为什么一个讲肠道菌群的播客会提到《无主之地3》这款游戏？科学家们是如何利用“无主之地·科学”小游戏来解决肠道菌群科研问题的？为什么序列比对的任务对人工智能来说困难重重，而游戏玩家可以更好地完成？公众科学游戏是什么？你知道有哪些领域受益于公众科学游戏吗？电子游戏与科学结合有哪些具体的结合方式？MMOS是一个什么样的组织？它的目标和成就是什么？ 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙和Spotify评论，或者微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote单集简介末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章是：A key genetic factor governing arabinan utilization in the gut microbiome alleviates constipation(一个控制肠道微生物组中利用阿拉伯聚糖的关键基因簇缓解了便秘)。在2023年11月发表于Cell Host & Microbe（细胞·宿主与微生物）。 第一作者：张程程 通讯作者：翟齐啸，张家超，黄适 通讯单位：江南大学食品学院，海南大学食品科学与工程学院，香港大学牙医学院 功能性便秘与哪些疾病相关？不同益生菌菌株缓解功能性便秘的效果为何存在差异？江南大学等团队是如何通过研究长双歧杆菌来发现缓解便秘的有效菌株的？什么植物多糖对缓解便秘起到了关键作用？abfA基因簇在其中扮演了什么角色？临床试验是如何验证abfA基因簇在缓解便秘中的作用的？abfA基因簇如何通过改变肠道微生物组的代谢来缓解便秘？最后我还给受便秘困扰的朋友们提一些建议。 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote单集简介末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： 文章1：Fatty Liver Disease Causedby High-Alcohol-Producing Klebsiella pneumoniae，2019年发表于Cell Metabolism. 第一作者：袁静 通讯作者：袁静，刘翟，杨瑞馥 通讯单位：首都儿科研究所，中国科学院武汉病毒研究所，中国人民解放军军事科学院军事医学科学研究院微生物流行病研究所 文章2：Bacteriophage targeting microbiota alleviates non-alcoholic fatty liver disease induced by high alcohol-producing Klebsiella pneumoniae，2023年6月发表于Nature Communications. 第一作者：Lin Gan 通讯作者：袁静，孙英 通讯单位：首都儿科研究所，首都医科大学 比利时一男子“醉驾”却被法院宣判无罪，为什么？中国一男子喝可乐会醉断片儿？自动酿酒综合征有什么健康后果？什么细菌与非酒精性脂肪肝有关，并形成“内源性酒精性脂肪肝”？对于自动酿酒综合征和内源性酒精性脂肪肝的患者，有哪些治疗方法？噬菌体疗法与抗生素治疗在对肠道菌群的影响方面有什么不同？ 原文链接：https://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(19)30447-4；https://www.nature.com/articles/s41467-023-39028-w 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote单集简介末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： Shen, J., Zhang, J., Mo, L., Li, Y., Li, Y., Li, C., Kuang, X., Tao, Z., Qu, Z., Wu, L., et al. (2023). Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteria. Cell Host Microbe 31, 665-677.e7. 10.1016/j.chom.2023.03.013. 肠道里除了细菌还有什么微生物？噬菌体在肠道生态系统中扮演什么角色，它们又是如何调节细菌种群的？中科院深圳先进技术研究院是如何建立一条大规模的噬菌体分离培养的工作流程的？噬菌体的高度特异性意味着什么，这对于肠道微生物群落管理有什么潜在影响？“噬菌体鸡尾酒疗法”是如何工作的，它在实际医疗中有哪些潜在应用？这项人类肠道噬菌体研究对未来的医疗治疗开辟了哪些新途径？ 原文链接：https://www.cell.com/cell-host-microbe/abstract/S1931-3128(23)00117-8 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天给大家分享一下我对《身体的问题，肠知道》一书的读后感。这本书由拉施妮·拉杰博士撰写，她是一位专门研究消化道疾病的医生和科普作家。书中用房子比喻人体，探讨肠道菌群在维持健康方面的重要性。书中列举了最新的研究结果，详细解释了“房子”的每个房间与肠道菌群的关系。作者还提供了具体的食谱和建议，旨在帮助读者改善肠道健康。对于希望学习一些基本的肠道菌群与健康的知识的读者，这是一本不错的入门书籍。 在小宇宙APP中的本期节目下评论留言，点赞数最高的三条评论会得到主播送出的一本《身体的问题，肠知道》。欢迎大家踊跃互动！ 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. I’m Jerry Zhang, a chemical biologist working on human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health. What is the link between gut microbiota and metabolic diseases in humans? Which study found the link between obesity and gut microbiota? How does gut microbiota affect Type 2 diabetes? What is the effect of the common antidiabetic drug metformin on intestinal flora? Why are some diabetes patients resistant to acarbose? What is the role of dipeptidyl peptidase 4 (DPP4) in blood sugar regulation? What is the effect of DPP-4 inhibitors on Bacteroides thetaiotaomicron? What are “microbial-host isozymes”? What impact does bacterial DPP4 have on host glucose tolerance? Why doesn't sitagliptin work for some people with diabetes? How does Bacteroides thetaiotaomicron cause trouble? Which active ingredient in traditional Chinese medicine may be a new type of antidiabetic drug? 1.Tian, J. et al. Inactivation of the antidiabetic drug acarbose by human intestinal microbial-mediated degradation. Nat Metabolism 1–14 (2023) doi:10.1038/s42255-023-00796-w. 2.Keller, L. J. et al. Chemoproteomic identification of a DPP4 homolog in Bacteroides thetaiotaomicron. Nat. Chem. Biol. 1–11 (2023) doi:10.1038/s41589-023-01357-8. 3.Wang, K., Zhang, Z., Hang, J., Liu, J., Guo, F., Ding, Y., Li, M., Nie, Q., Lin, J., Zhuo, Y., et al. (2023). Microbial-host-isozyme analyses reveal microbial DPP4 as a potential antidiabetic target. Science 381. 10.1126/science.add5787. Links to original articles：www.nature.com； www.nature.com； www.science.org Support this podcast: anchor.fm

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。 今天介绍的文章： Wang, K., Zhang, Z., Hang, J., Liu, J., Guo, F., Ding, Y., Li, M., Nie, Q., Lin, J., Zhuo, Y., et al. (2023). Microbial-host-isozyme analyses reveal microbial DPP4 as a potential antidiabetic target. Science 381. 10.1126/science.add5787. 二肽基肽酶4（DPP4）对于血糖调控有什么作用？什么是“肠道菌源宿主同工酶”？菌源DPP4对于宿主糖耐量有什么影响？为什么西格列汀对有些糖尿病患者无效？多形拟杆菌怎样捣乱？哪个中药活性成分竟可能是新型降糖药？ 原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.add5787 感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！ 支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast: https://anchor.fm/szhangjerry/support