Supercomputer fremmer udviklingen af genomisk medicin

Vi ved godt at der blive samlet en masse oplysninger ind om os, når vi bevæger os rundt på internettet. Dette fænomen kaldes tracking. Men hvornår opstod tracking? Og hvordan har tracking-teknologien udviklet sig i takt med at internettet og vores brug af nettet har ændret sig?Det er Janne Nielsen, adjunkt i medievidenskab ved Aarhus Universitet i gang med at undersøge. Takket være Netarkivet kan hun gå helt tilbage til 2006 og se på brug af tracking på danske hjemmesider. Og det er store mængder af data som hun skal analysere. Derfor foregår analyserne på Kulturarvsclusteret på det kgl. Bibliotek i Aarhus. Læs mere om Janne Nielsens forskning på: https://pure.au.dk/portal/da/persons/janne-nielsen(8eb7299a-0143-4583-aa17-3ce896422016).htmlLæs mere om Kulturarvsclusteret på: https://www.deic.dk/da/kulturarvscluster

En af de første udfordringer, der møder humanister når de vil i gang med supercomputing i digitale data, er overhovedet at få adgang eller tilladelse til at arbejde med data som f.eks. webtekster fra Netarkivet. Det skyldes at en stor del af disse data kan være personhenførbare, og derfor beskyttet af persondataloven. Og det betyder i praksis, at man ikke bare kan få adgang til at forske i disse data. De skal først anonymiseres, og det er langt fra en enkelt sag, når det gælder ustrukturerede data som webtekster. I denne episode fortæller Kristoffer Laigaard Nielbo, hvordan han sammen med sit team forsøger at bruge teknologien til at løse problemer omkring anonymisering af data, så det gerne på sigt skulle blive meget nemmere at komme i gang med spændende humanistiske digitale forskningsprojekter.

Hvor mange hjemmesider findes der i Danmark og hvilken viden gemmer der sig i det danske web, hvis man pludselig kan analysere op mod 1 million websider ved hjælp af en supercomputer? Det er nogle af de spørgsmål som professor ved Århus Universitet Nils Brugger gerne vil have svar på. Han er en af de første forskere som har draget nytte af det nye Kulturarvscluster i sin forskning i det danske webarkiv. Læs mere om Niels Brüggers forskning:http://pure.au.dk/portal/da/persons/niels-brugger(2814967c-56b1-4b7c-9599-50ff791909b7).htmlLæs mere om Kulturarvsclusteret: http://www.statsbiblioteket.dk/kulturarvscluster 

I denne episode af Supercomputing i Danmark tager vi hul på den del af dansk supercomputing, der handler om humanistisk forskning. På det Kgl- Bibliotek i Århus findes den 3. nationale supercomputer. Den har fået navnet Kulturarvsclusteret og sammenlignet med de andre nationale supercomputere Computerome og Abacus, er den ikke ret stor, men sammen med de omfattende digitale samlinger af dansk kulturarv der findes på det kgl. Bibliotek, så giver Kulturarvsclusteret nu humanistiske forskere nogle unikke muligheder for at forske i store mængder data fra dansk kulturarv ved hjælp af nye kvantitative metoder. I denne episode fortæller Bjarne Andersen og Per Møldrup-Dalum fra det kgl. Bibliotek om baggrunden for at skabe et kulturarvscluster og om de første erfaringer med clusteret og de muligheder som det indeholder. I udsendelsen nævnes nogle af de forskningsprojekter, der allerede anvender clusteret. Dem vil du kunne høre meget mere om i de kommende episoder af Supercomputing i Danmark. Læs mere om Kulturarvsclusteret på www.kulturarvscluster.dkLæs mere om DeIC og supercomputing på https://www.deic.dk/da/kulturarvscluster  

Hvordan er de nationale supercomputere blevet brugt?Hvilke videnskaber har fundet vej til supercomputerne ABACUS 2.0 og COMPUTEROME i perioden 2015-2017 og hvad er der kommet ud af det?I denne episode har jeg besøg af Lene Krøl Andersen og Birgitte Vedel Tage fra DeIC. De fortæller om erfaringerne med national supercomputing i Danmark. De har bl.a kigget på knapt 300 videnskabelige publikationer, hvor en af de to nationale supercomputere er nævnt. Se den fulde publikationsliste her: https://vidensportal.deic.dk/da/publikationer 

Hvis vi for alvor skal forstå de molekylære mekanismer bag udviklingen af kræft, og designe nye og bedre behandlingsformer, så bliver der brug for både bioinformatikere og meget kraftige supercomputere. Det har man indset hos Kræftens Bekæmpelse. Her har man udvidet forskningsafdelingen til også at omfatte en større gruppe bioinformatikere. som arbejder side om side med de eksperimentelle forskere. I denne podcast fortæller leder af Computational Biology hos Kræftens Bekæmpelse, Elena Papaleo, hvordan supercomputere hjælper kræftforskningen.Læs mere om Elena Papaleos forskningsgruppe på: https://www.cancer.dk/research/computational-biology-laboratory/Læs mere om supercomputeren Computerome på: https://www.deic.dk/da/computerome

På Rigshopitalets Center for Genomisk Medicin undersøger man patienternes gener, for at finde ud af, hvad de fejler, og hvordan de skal behandles.  Det kræver en masse computerkraft at analysere de enorme mængder sekvensdata. Derfor har man valgt at benytte den Nationale Supercomputer Computerome, både til forskning og til den daglige drift med lagring og analyser af de genetiske data. Det betyder hurtigere svar til patienterne, men det betyder også at læger og forskere ved Rigshospitalet har nem adgang til de nyeste data, forskningsresultater, metoder og værktøjer som er tilgængelige på Computerome, fordi den er specialiseret til Life Science forskning. I denne episode fortæller Rasmus Marvig fra Center for Genomisk medicin, hvordan de bruger Supercomputeren Computerome til gavn for patienterne.Du kan læse mere om Computerome på: https://www.deic.dk/computerome

Hvad får celler til at ældes? Man har længe haft mistanke om, at frie radikaler kan spille en vigtig rolle i denne proces. Frie radikaler er atomer eller molekyler, der har en eller flere uparrede elektroner i den yderste skal og dermed bliver reaktive. Hvis man vil undersøge, hvordan frie radikaler påvirker vores celler kræver det altså at man studerer molekylernes interaktioner på atomniveau, og det er ikke muligt selv med det stærkeste mikroskop. Men i stedet for et mikroskop kan man bruge en supercomputer. Biofysiker og kvantebiolog Ilia Solov’yov lektor ved Syddansk Universitet forklarer i denne podcast hvordan han ved hjælp af supercomputeren Abacus er i stand til at følge indviklede biologiske mekanismer atom for atom og at regne sig frem til, hvad der sker når atomerne interagerer. På denne måde, håber han også at blive i stand til at forklare, hvad der ældningsprocessen i gang i vores celler.Læs mere om Ilia Solov’yov på: http://quantbiolab.comLæs mere om Supercomputeren Abacus på: https://abacus.deic.dk

Gummi er ikke bare gummi. Det er en indviklet struktur bestående af polymerer blandet med andre partikler. Selvom det snart er 200 år siden at Charles Goodyear opfandt vulkaniseringsprocessen og dermed lagde grunden til de gummidæk vi kender i dag, så har det indtil nu været en slags sort boks, hvad der foregår, når man mikser og opvarmer de forskellige ingredienser. Men takket være computermodeller og supercomputeren Abacus 2.0 begynder man nu at forstå, hvordan de enkelte molekyler i gummimaterialer opfører sig. Og det er noget der interesserer den tyske dækvirksomhed Continental. De har indgået et forskningssamarbejde med Carsten Svaneborg, lektor ved institut for fysik, kemi og farmaci på Syddansk Universitet, som er ekspert i computersimuleringer af polymermaterialer. I denne episode kan du høre Carsten Svaneborg fortælle om samarbejdet med Continental og om mulighederne i at forstå gummiets egenskaber ved hjælp af computersimuleringer på en supercomputer. Læs mere om Carsten Svaneborgs forskning på http://www.zqex.dkLæs mere om Abacus 2.0 på https://vidensportal.deic.dk/Abacus

På IT-Universitet i København har man fundet en alternativ strategi til at skabe klogere og bedre robotter. Man efterligner simpelt hen evolutionsprocessen som den foregår i naturen så man faktisk fremavler robotter, kunstige hjerner og nye bedre computere, i stedet for at programmere sig frem til dem. Hør hvordan det foregår, når Sebastian Risi, lektor ved IT-Universitetet fortæller, hvordan han bruger supercomputeren ABACUS til at arbejde med kunstig evolution, lærende robotter og neurale netværk. Sammen med en masse samarbejdspartnere er han også i gang med at undersøge, hvad der sker, hvis man lader planter og robotter interagere og udvikle sig sammen. Du kan læse mere om Sebastian Risis arbejde på http://sebastianrisi.com og om supercomputeren Abacus 2.0 på https://abacus.deic.dk